我是生物信息学的学生,我正在使用此命令使用 OrthoMCL 工具
./orthomclLoadBlast my_orthomcl/orthomcl.config my_orthomcl/similarSequence.txt
但我收到错误
Can't connect to data source ' :mysqllocalinfile=1' because I can't work out what driver to use (it doesn't seem to contain a 'dbi:driver:' prefix and the DBI_DRIVER env var is not set) at /home/linux/Desktop/orthomclSoftware-v2.0.9/bin/../lib/perl/OrthoMCLEngine/Main/Base.pm line 56
DBI
已安装在我的系统中,那么为什么会出现此错误?我该如何解决?
最佳答案
您需要安装数据库驱动程序,DBI
模块才能与您的数据库配合使用。在这种情况下,您似乎需要安装 DBD::mysql
.
OrthoMCL 可能会省略驱动程序名称并仅使用 dbi::
,在这种情况下,您必须将环境变量 DBI_DRIVER
设置为 mysql
.
正确的答案必须在 OrthoMCL 的文档中。你读过吗?
<小时/>更新
查看source for orthomclLoadBlast
看起来你的配置文件有问题。这里有人可能熟悉该实用程序,但您必须发布 orthomcl.config
才有机会获得任何有用的建议。
关于mysql - MySQL 和 DBI 中的 Perl 错误,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/20297486/