r - 使用 docker 文件安装 R 包

Question

我已经在我的 docker 文件中使用以下行安装了 R。请建议我现在如何指定要安装在我的 docker 文件中的软件包。

RUN yum -y install R-core R-devel

我正在做这样的事情:

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"\
    && R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" \
    && R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" 

这是正确的做法吗？

Answer 1

正如@Cameron Kerr 的评论所建议的，Rscript 不会让您构建失败。 到目前为止，推荐的方法是按照问题的建议进行操作。

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"
RUN R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"
RUN R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" 

如果您相当确定没有包失败，请使用此单线 -

RUN R -e "install.packages(c('methods', 'jsonlite', 'tseries'),
                           dependencies=TRUE, 
                           repos='http://cran.rstudio.com/')"

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编辑:如果你不使用 Base-R 镜像，你可以使用 rocker-org 的 r-ver 或 r-studio 或 tidyverse 图像。这是repo .这是一个示例 Dockerfile -

FROM rocker/tidyverse:latest

# Install R packages
RUN install2.r --error \
    methods \
    jsonlite \
    tseries

--error 标志是可选的，它使 install.packages() 如果包安装失败(这将导致 docker build 命令失败)。默认情况下，install.packages() 只会抛出一个警告，这意味着即使安装包失败，Dockerfile 也可以构建成功。

所有 rocker-org 基本上都是 installs install2.R 功能的 littler 包