java - 用于安装 R 包的备用编译器 : clang: error: unsupported option '-fopenmp'

Question

我正在尝试在 OS X 10.11.6 和 R 版本 3.4.0 上安装 rJava 包:

install.packages("rJava", type = "source")

我收到以下错误:

clang -o libjri.jnilib Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o  -dynamiclib -framework JavaVM -fopenmp -L/usr/local/lib -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv    
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

据我所知，clang 被用作编译器，使用 clang 似乎不支持的“fopenmp”。任何人都可以找到解决这个问题的方法，可能会强制使用不同的编译器吗？ (注:我对编译器几乎一无所知)

提前致谢。

Answer 1

这是因为 R 3.4.0 是由 CRAN 使用 llvm-4.0.0(支持 OpenMP)编译的，但 Apple 的 fork(默认安装在 macOS 上)不支持 OpenMP。三种解决方案

1. 使用 CRAN 提供的二进制包，例如install.packages(type = "binary") .
2. 安装支持 OpenMP 的编译器，例如来自 hombrew 的 gcc 或 clang，但是您还必须修改个人 makevars 文件 ( ~/.R/Makevars ) 中的变量。
3. 取消设置 SHLIB_OPENMP_CFLAGS和 SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS在你的~/.R/Makevars

对于 2. 您可以使用 brew install llvm 安装编译器或 brew install gcc --without-multilib那么您必须将编译器路径添加到您的 ~/.R/Makevars文件。

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler)
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++

或 gcc使用(仔细检查 gcc 可执行文件是否存在并正确命名)

CC=/usr/local/bin/gcc-7
CXX=/usr/local/bin/gcc-7
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler)
CXX11=/usr/local/bin/gcc-7

或者您可以安装 CRAN Provided LLVM 4.0并设置 Makevars适当归档。

对于 3. 您只需要取消设置 SHLIB_OPENMP_CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=

有关详细信息，请参阅 OpenMP support在编写 R 扩展中。

请注意，此错误与 Java 或 rJava 包无关，因此理想情况下可以将问题重命名为 clang: error: unsupported option '-fopenmp' .