python - 由非 root 用户安装 python 包/工具

Question

(1) 我必须安装一个 python 包 (HTSeq) 但我没有 root 权限。

安装包需要 python 2.4 或最新版本。我们的集群上有 python 2.3。

因此我在我的一个本地目录上安装了 python 2.7 使用

./configure --prefix=/home/amit/tools/localpython 
make 
make install

(2) 该包还需要 numpy :所以我也使用以下方法将它安装在我的本地目录中:

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localnumpy 

完成

>>> sys.path.append("/home/amit/tools/localnumpy/lib/")

(3) 我下载了 HTSeq 的 tar 文件(我想下载)并运行

/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 setup.py install --home=/home/amit/tools/localhtseq

它抛出以下错误:

Could not import 'setuptools',
falling back to 'distutils'.
Setup script for HTSeq: Failed to import 'numpy'.
Please install numpy and then try again to install HTSeq.

请给我一些关于如何克服它的提示

提前致谢

Answer 1

Setuptools 是您需要安装该软件包的另一个要求。

一种选择是使用 virtualenv 创建一个包含的 python 环境。这可以在任何地方制作，并且归创建它的用户所有。

在没有管理员权限的情况下安装 virtualenv(来自 this answer ):

下载最新版本的 virtualenv 的 tar.gz。 打开包装。 您甚至不需要安装它，只需运行 virtualenv.py，例如:

wget http://pypi.python.org/packages/source/v/virtualenv/virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
tar -xzf virtualenv-1.7.1.2.tar.gz
/home/amit/tools/localpython/bin/python2.7 virtualenv-1.7.1.2/virtualenv.py env

env/bin/pip install HTSeq
env/bin/pip install numpy

现在在虚拟环境中使用 python 二进制文件运行脚本:

env/bin/python myscript.py