python - 使用 rpy2 从 python 调用 R 脚本

Question

我是 rpy2 和 R 的新手。

我基本上有一个 R 脚本，script.R，其中包含函数，例如 rfunc(folder)。它与我的 python 脚本位于同一目录中。我想从 Python 调用它，然后启动它的功能之一。我不需要此 R 函数的任何输出。我知道它一定很基础，但我找不到 R 脚本调用 python 代码的示例。 我目前在 Python 中所做的事情:

import rpy2.robjects as robjects

def pyFunction(folder):
    #do python stuff 
    r=robjects.r
    r[r.source("script.R")]
    r["rfunc(folder)"]
    #do python stuff

pyFunction(folder)

我在源代码行上遇到错误:

r[r.source("script.R")] 文件“/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/__init__.py”，第 226 行，在 __getitem__ 中 res = _globalenv.get(项目) 类型错误:参数 1 必须是字符串，而不是 ListVector

我很不明白我给它的论点怎么不是一个字符串，我猜同样的问题会在下一行发生，folder 是一个 python 字符串，而不是一个R 东西。

那么，我怎样才能正确调用我的脚本呢？

Answer 1

source 是一个r 函数，它运行一个r 源文件。因此在rpy2中，我们有两种调用方式:

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r['source']('script.R')

或

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r.source('script.R')

r[r.source("script.R")] 是错误的做法。

同样的想法可能适用于下一行。