c++ - std::bad_alloc 将文本文件中的单个字符存储到 vector C++ 中时

Question

所以我的目标是从文件中读入并存储单个字符(它们是基因组序列)。这些文件非常大，基本上看起来像这样:

>gi|188033402|emb|CU859091.1| A BAC library has been constructed from PN40024...
AGCTCCTTTTTAAAACAACATTCAAGAAATTGGAGTTTGGCATTTTTACAAAGAGCATATTCAGCTCTGG
GAAGTATTTCTTGAGCAAAGAGGAGCGAAAATAGATCCTAAATGTTCCCCAGATTTTCCCCAGATTCCAA

可以完全忽略以“>”字符开头的行。所以基本上我只想要“AGCTCCTTTTTA...”部分。

我的代码适用于较小的文件，但适用于较大的文件时会崩溃。我想弄清楚这里的内存问题是什么以及如何解决它。运行文件时出现的错误是:

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
   what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

这是我读取单个字符并将它们存储到 vector 中的简化代码:

int main(int argc, char * argv[])
{
   ifstream file (argv[1]);

   vector<char> sequenceA; // to store the single characters
   string line; // to grab lines from the file
   char c; // to grab the single character from the file

   // go through the file
   while(getline(file,line))
   {
      //store the line
      stringstream stream(line);

      // go through and grab each single character in the line
      while(stream.get(c))
      {
         if(c == '>')
         {
            // break and continue to the next line
            break;
         }
         else
         {
            // add the character to the list
            sequenceA.push_back(c);
         }
      }
   }

我正在浏览 stackoverflow 上的其他“std::bad_alloc”帖子，但似乎找不到可以帮助我解决问题的帖子，因此非常感谢您的帮助!如果你不知道，我对编程还是很陌生，非常感谢你的解释。

非常感谢!

Answer 1

这意味着程序最终会请求一个足够大的连续内存块，以至于系统无法提供它。

如果您坚持自己的方法，快速修复可能是使用 deque 而不是 vector。