c++ - 从 van 文件中的第 m 个染色体中获取第 n 个读数

Question

我目前正在使用 htslib(尽管我也可以使用 bamtools)并且能够通过类似 this 的方式获得连续读取但我很好奇如何编辑这段代码以从第 m 条染色体上读取第 n 条数据，而不是连续读取它。这可能吗？

Answer 1

您可以直接跳到第 m 个染色体，但您随后需要线性搜索第 n 个读数。

代替 sam_read1() 并给定一个 htsFile * (bamFile) 对应于名为 bamFileName 的文件，一个人会:

hts_idx_t *idx = sam_index_load(bamFile, bamFileName);
hts_itr_t *itr = sam_itr_queryi(idx, m, 0, hdr->targetLen[m]);

然后使用 sam_itr_next(bamFile, itr, b) 在 b 中获得连续对齐，这是一个 bam1_t*。