Python 范围类/子类

Question

我有这样一个 Range 类的代码:

class Range:
   def __init__(self, start, end):
      self.setStart(start)
      self.setEnd(end)
   def getStart(self):
      return self.start
   def setStart(self, s):
      self.start = s
   def getEnd(self):
      return self.end
   def setEnd(self, e):
      self.end = e
   def getLength(self):
      return len(range(self.start, self.end))
   def overlaps(self, r):
      if (r.getStart() < self.getEnd() and r.getEnd() >= self.getEnd()) or \
         (self.getStart() < r.getEnd() and self.getEnd() >= r.getEnd()) or \
         (self.getStart() >= r.getStart() and self.getEnd() <= r.getEnd()) or \
         (r.getStart() >= self.getStart() and r.getEnd() <= self.getEnd()):
          return True
      else:
          return False

我的任务是创建 Range 的一个子类，称为 DNAFeature，它代表一个也有链和序列名称的 Range:

实现setStrand和getStrand，设置和返回strand信息，setSeqName和getSeqName，设置或返回特征所属序列的名称。 如果一个特征在负(反向)链上，getStrand() 应该返回 ‐1。如果特征在正链上，getStrand() 应返回 1。如果未设置链，getStrand() 应返回 0。

我试着写了一些东西，但对我来说一点都不合适，请大家帮我解决这个问题，非常感谢你们，这是我的代码:

class DNAFeature(Range):
    def __init__(self, strand, sequence):
            self.setStrand(strand)
            self.setSeqName(sequence)
    def getSeqName(self):
            return self.plus or minus
    def setSeqName(self, seq):
            self.sequence = seq
    def getStrand(self):
            if self.getSeqName(self.strand) == 'plus':
                    return 1
            if self.getSeqName(self.strand) == 'minus':
                    return -1
            else:
                    return 0
    def setStrand(self, strand):
            self.strand = strand

Answer 1

一般来说，如果您提供特定的错误消息或出错的地方，回答问题会容易得多。这是我尝试运行上面的代码时发生的事情:

• 首先:

  `SyntaxError: invalid syntax` 
  

  在 if seq == POSITIVE 上。这里出了什么问题？哦，是的，你在有条件的后面少了一个冒号。如果您添加该文件至少会解析。因此，让我们尝试编写一些代码:

  # Your code here, then:
  feature = DNAFeature()
  

• 运行给出:

  TypeError: __init__() takes exactly 3 positional arguments (1 given)
  

  哦，好的，我们需要将一些参数传递给 DNAFeature 的初始化程序。让我们把它放在 + 链上，并称它为 foo:

  feature = DNAFeature(1, "foo")
  

• 现在我们得到:

  AttributeError: 'DNAFeature' object has no attribute 'setStrand'
  

  那是什么？好的，您还没有定义 setStrand。 (注意:您不必这样做。但稍后会详细介绍。)让我们定义它:

  def setStrand(self, strand):
      self.strand = strand
  

我不想通过代码解决其余问题(提示:您需要在使用变量之前定义变量)，但这是您应该做的事情。

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是的，有些不同。 上面是错误的代码。我希望你已经编写了 Range 类并且它没有作为类(class)的一部分提供，因为如果它有你上一门糟糕的类(class)主要问题是 getter 和 setter 的使用——我猜你是 Java 出生和培育的吧？在 Python 中，您不需要为所有内容都编写 getter 和 setter，因为您可以随时在需要时添加它们。相反，只需使用类属性。查看以下 Range 的代码:

class Range:
    def __init__(self, start, end):
        self.start = start
        self.end = end

    def length(self):
        return self.end - self.start

    def overlaps(self, other):
        return not(self.end < other.start or other.end < self.start)

那不是更好吗？不再有讨厌的访问器，overlaps 方法中不再有讨厌的比较……如果您在实现代码之前弄清楚代码试图实现的逻辑，这会有所帮助。

看看您现在是否可以编写更好的 DNAFeature。

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您还没有告诉我 getStrand 应该做什么，但是我认为您的目标是这样的。假设传递给 __init__ 的链名称的格式为 "+name" 或 "-name"。然后您可以执行以下操作:

def __init__(self, strand):
    sequence = strand[0] #first character of strand

    if sequence == "+":
        self.strand = 1
        self.sequence= strand[1:]
    elif sequence == "-":
        self.strand = -1
        self.sequence = strand[1:]
    else:
        self.strand = 0
        self.sequence = strand

看看你是否能弄清楚它是如何工作的。