python - 使用 Python 子进程将 stdout 重定向到 stdin？

Question

我正在使用将二进制文件输出到 STDOUT 的子进程模块从 shell 调用程序。

我使用 Popen() 调用程序，然后我想将流传递给 Python 包(称为“pysam”)中的一个函数，不幸的是，该函数不能使用 Python 文件对象，但可以读取来自标准输入。所以我想做的是让 shell 命令的输出从 STDOUT 进入 STDIN。

这如何在 Popen/subprocess 模块中完成？这是我调用 shell 程序的方式:

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

这将读取“my_cmd”的 STDOUT 输出并在 p 中获取到它的流。由于我的 Python 模块无法直接从“p”读取，我尝试使用以下方法将“my_cmd”的 STDOUT 重定向回 STDIN:

p = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, shell=True).stdout

然后我调用我的模块，它使用“-”作为 STDIN 的占位符:

s = pysam.Samfile("-", "rb")

上面的调用只是意味着从STDIN(表示为“-”)中读取并将其作为二进制文件(“rb”)读取。

当我尝试这个时，我只是将二进制输出发送到屏幕，而且 Samfile() 函数似乎无法读取它。即使我删除了对 Samfile 的调用，也会发生这种情况，所以我认为问题出在我对 Popen 的调用上，而不是下游步骤。

编辑:为了回应答案，我试过:

sys.stdin = subprocess.Popen(tagBam_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout
print "Opening SAM.."                                                                                            
s = pysam.Samfile("-","rb")
print "Done?"
sys.stdin = sys.__stdin__    

这似乎挂了。我得到输出:

Opening SAM..

但它永远不会超过 Samfile("-", "rb") 行。知道为什么吗？

知道如何解决这个问题吗？

编辑 2:我正在添加指向 Pysam 文档的链接以防它有帮助，我真的想不通。文档页面是:

http://wwwfgu.anat.ox.ac.uk/~andreas/documentation/samtools/usage.html

关于流的具体说明在这里:

http://wwwfgu.anat.ox.ac.uk/~andreas/documentation/samtools/usage.html#using-streams

特别是:

""" Pysam 不支持从真正的 python 文件对象读取和写入，但它支持从 stdin 和 stdout 读取和写入。以下示例从 stdin 读取并写入 stdout:

infile = pysam.Samfile( "-", "r" )
outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )
for s in infile: outfile.write(s)

它也适用于 BAM 文件。以下脚本将 stdin 上的 BAM 格式文件转换为 stdout 上的 SAM 格式文件:

infile = pysam.Samfile( "-", "rb" )
outfile = pysam.Samfile( "-", "w", template = infile )
for s in infile: outfile.write(s)

注意，只需要将文件打开方式由r改为rb即可。 """

所以我只想获取来自 Popen 的流，它读取 stdout，并将其重定向到 stdin，这样我就可以使用 Samfile("-", "rb")，因为上面的部分说明是可能的。

谢谢。

Answer 1

如果您使用 stdout=subprocess.PIPE，我有点困惑，您在 stdout 上看到二进制文件，但是，总体问题是您需要使用 sys.stdin 如果你想欺骗 pysam 使用它。

例如:

sys.stdin = subprocess.Popen(my_cmd, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).stdout
s = pysam.Samfile("-", "rb")
sys.stdin = sys.__stdin__ # restore original stdin

更新:假设 pysam 在 Python 解释器的上下文中运行，因此当指定“-”时意味着 Python 解释器的标准输入。不幸的是，事实并非如此；当指定“-”时，它直接从文件描述符 0 读取。

换句话说，它没有使用 Python 的标准输入 (sys.stdin) 概念，因此替换它对 pysam.Samfile() 没有影响。也不可能从 Popen 调用中获取输出并以某种方式将其“推送”到文件描述符 0；它是只读的，它的另一端连接到您的终端。

将输出输出到文件描述符 0 的唯一真正方法是将它移动到一个额外的脚本，并从第一个开始将两者连接在一起。这确保了第一个脚本中 Popen 的输出将在第二个脚本的文件描述符 0 上结束。

因此，在这种情况下，您最好的选择是将其拆分为两个脚本。第一个将调用 my_cmd 并获取它的输出并将其用于另一个调用 pysam.Samfile("-", "rb") 的 Python 脚本的第二个 Popen 的输入。