我已经能够使用 h5py 在我的 HDF5 文件中创建一个由无符号整数和可变长度字符串组成的复合数据集,但我无法写入它。
dt = h5py.special_dtype(vlen=str)
dset = fout.create_dataset(ver, (1,), dtype=np.dtype([("time", np.uint64),("value", dt)]))
通过将复合数据集的特定列设置为等于现有的 numpy 数组,我已经相当轻松地写入其他复合数据集。
现在我遇到麻烦的地方是使用可变长度字符串写入复合数据集。 Numpy 不支持可变长度字符串,因此我无法事先创建包含该值的 numpy 数组。
我的下一个想法是将单个值写入有问题的列,这适用于 unsigned int。但是,当我尝试将字符串写入复合数据集中的可变长度字符串字段时,我得到:
dset["value"] = str("blah")
File "D:\Anaconda3\lib\site-packages\h5py\_hl\dataset.py", line 508, in __setitem__
val = val.astype(numpy.dtype([(names[0], dtype)]))
ValueError: Setting void-array with object members using buffer.
任何指导将不胜感激。
最佳答案
根据我之前对 Inexplicable behavior when using vlen with h5py 的回答
我运行了这个测试(h5py
版本“2.2.1”):
In [4]: import h5py
In [5]: dt = h5py.special_dtype(vlen=str)
In [6]: f=h5py.File('foo.hdf5')
In [8]: ds1 = f.create_dataset('JustStrings',(10,), dtype=dt)
In [10]: ds1[0]='string'
In [11]: ds1[1]='a longer string'
In [13]: ds1[2:5]='one_string two_strings three'.split()
In [14]: ds1
Out[14]: <HDF5 dataset "JustStrings": shape (10,), type "|O4">
In [15]: ds1.value
Out[15]:
array(['string', 'a longer string', 'one_string', 'two_strings', 'three',
'', '', '', '', ''], dtype=object)
对于像您这样的混合数据类型:
In [16]: ds2 = f.create_dataset('IntandStrings',(10,),
dtype=np.dtype([("number",int),('astring',dt)]))
In [17]: ds2[0]=(1,'astring')
In [18]: ds2[1]=(10,'a longer string')
In [19]: ds2[2:4]=[(10,'a longer much string'),(0,'')]
In [20]: ds2.value
Out[20]:
array([(1, 'astring'), (10, 'a longer string'),
(10, 'a longer much string'), (0, ''), (0, ''), (0, ''), (0, ''),
(0, ''), (0, ''), (0, '')],
dtype=[('number', '<i4'), ('astring', 'O')])
尝试自己设置一个字段好像不行
ds2['astring'][4]='one two three four'
相反,我必须设置整个记录:
ds2[4]=(123,'one two three four')
尝试设置整个字段会产生相同的错误:
ds2['astring']='astring'
我将这个数据集初始化为 (10,)
,而你的是 (1,)
。但我认为这是同样的问题。
不过,我可以设置整个数字字段:
In [48]: ds2['number']=np.arange(10)
In [50]: ds2['number']
Out[50]: array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9])
In [51]: ds2.value
Out[51]:
array([(0, 'astring'), (1, 'a longer string'),
(2, 'a longer much string'),
(3, ''), (4, 'one two three four'), (5, ''),
(6, ''), (7, ''),
(8, ''), (9, '')],
dtype=[('number', '<i4'), ('astring', 'O')])
关于python - 通过 h5py (HDF5) 写入具有可变长度字符串的复合数据集,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/33247432/