python - 使用 Python 从蛋白质数据库下载特定的 .pdb 文件

Question

我一直在尝试从蛋白质数据库下载 .pdb 文件。我已经编写了以下代码块来提取这些文件，但是我正在下载的文件包含网页。

#Sector C - Processing block:
RefinedPDBCodeList = [] #C1
with open('RefinedPDBCodeList') as inputfile:
    for line in inputfile:
         RefinedPDBCodeList.append(line.strip().split(','))

print(RefinedPDBCodeList[0])
['101m.pdb']

import urllib.request      
for i in range(0, 1): #S2 - range(0, len(RefinedPDBCodeList)):
    path=urllib.request.urlretrieve('http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=101m', '101m.pdb')

Answer 1

看来您的基本网址有误。试试看:

urllib.request.urlretrieve('http://files.rcsb.org/download/101M.pdb', '101m.pdb')