python - 为什么 Python 无法识别集合中的元素？

Question

我正在尝试从一组字符串中删除元素，但未找到它们。 该集生成为卡住集(由超出问题范围的库生成)，我将其转换为常规集。

>>> geneset = model.reactions[2915].genes
>>> geneset
frozenset(['YGL080W', 'YGR243W', 'YHR162W', 'AND', 'OR'])
>>> geneset_mutable = set(geneset)
>>> geneset_mutable
set(['YGR243W', 'OR', 'YGL080W', 'AND', 'YHR162W'])
>>> 'OR' in geneset_mutable
False
>>> "OR" in geneset_mutable
False
>>> geneset_mutable.remove('OR')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
KeyError: 'OR'

集合是可编辑的:

>>> geneset_mutable.add('OR')
>>> "OR" in geneset_mutable
True
>>> geneset_mutable.remove('OR')
>>> "OR" in geneset_mutable
False
>>> geneset_mutable
set(['YGR243W', 'AND', 'YHR162W', 'OR', 'YGL080W'])
>>> geneset_mutable.remove('OR')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
KeyError: 'OR'

为什么找不到元素？ 有什么特别的方法可以对此进行调试吗？

备案:

>>> sys.getdefaultencoding()
python -V
Python 2.7.5

Answer 1

如果你直接输入集合，它工作正常:

geneset_mutable = set(['YGR243W', 'OR', 'YGL080W', 'AND', 'YHR162W'])
>>> "OR" in geneset_mutable
True

我得出的结论是 model.reactions[2915].genes 没有返回字符串，它返回的基因的 repr 看起来像“OR”但是是不同类型的对象(与您的查询不匹配的一个)。

这很容易确认，只需运行这样的测试:

for gene in geneset:
    if repr(gene) == 'OR':
       print repr(gene)
       print type(gene)
       print gene == 'OR'

解决方案是创建一个可以与集合成员完全匹配的基因对象。你如何做到这一点取决于你的模型是如何实现的，但它应该看起来像这样:

>>> geneset = model.reactions[2915].genes
>>> Gene('OR') in geneset
True

希望这能让您回到完成基因分析的道路上:-)