假设我有一个包含数万个条目的列表,我想将它们写入文件。如果列表中的项目符合某些条件,我想关闭当前文件并开始一个新文件。
我有几个问题,我认为它们源于我想根据该文件中的第一个条目命名文件。此外,开始新文件的信号基于条目是否具有与前一个相同的字段。因此,例如假设我有列表:
l = [('name1', 10), ('name1', 30), ('name2', 5), ('name2', 7), ('name2', 3), ('name3', 10)]
我想以 3 个文件结束,name1.txt
应该包含 10
和 30
,name2.txt
应该有 5
、7
和 3
,name3.txt
应该有 10
。该列表已经按第一个元素排序,所以我需要做的就是检查第一个元素是否与前一个元素相同,如果不相同,则启动一个新文件。
一开始我试过:
name = None
for entry in l:
if entry[0] != name:
out_file.close()
name = entry[0]
out_file = open("{}.txt".format(name))
out_file.write("{}\n".format(entry[1]))
else:
out_file.write("{}\n".format(entry[1]))
out_file.close()
据我所知,这有几个问题。首先,第一次通过循环时,没有要关闭的 out_file
。其次,我无法关闭最后创建的 out_file
,因为它是在循环内定义的。下面解决了第一个问题,但看起来很笨拙:
for entry in l:
if name:
if entry[0] != name:
out_file.close()
name = entry[0]
out_file = open("{}.txt".format(name))
out_file.write("{}\n".format(entry[1]))
else:
out_file.write("{}\n".format(entry[1]))
else:
name = entry[0]
out_file = open("{}.txt".format(name))
out_file.write("{}\n".format(entry[1]))
out_file.close()
有更好的方法吗?
而且,这似乎不能解决关闭最后一个文件的问题,尽管这段代码运行良好——我是不是误解了 out_file
的范围?我认为它会被限制在 for
循环内。
编辑:我应该提一下,我的数据比这里显示的要复杂得多......它实际上不在列表中,它是一个 SeqRecord
from BioPython
编辑 2:好的,我以为我正在简化以避免分心。显然产生了相反的效果 - mea culpa。以下是上面第二个代码块的等价物:
from re import sub
from Bio import SeqIO
def gbk_to_faa(some_genbank):
source = None
for record in SeqIO.parse(some_genbank, 'gb'):
if source:
if record.annotations['source'] != source:
out_file.close()
source = sub(r'\W+', "_", sub(r'\W$', "", record.annotations['source']))
out_file = open("{}.faa".format(source), "a+")
write_all_record(out_file, record)
else:
write_all_record(out_file, record)
else:
source = sub(r'\W+', "_", sub(r'\W$', "", record.annotations['source']))
out_file = open("{}.faa".format(source), "a+")
write_all_record(out_file, record)
out_file.close()
def write_all_record(file_handle, gbk_record):
# Does more stuff, I don't think this is important
# If it is, it's in this gist: https://gist.github.com/kescobo/49ab9f4b08d8a2691a40
最佳答案
使用Python提供的工具更容易:
from itertools import groupby
from operator import itemgetter
items = [
('name1', 10), ('name1', 30),
('name2', 5), ('name2', 7), ('name2', 3),
('name3', 10)
]
for name, rows in groupby(items, itemgetter(0)):
with open(name + ".txt", "w") as outf:
outf.write("\n".join(str(row[1]) for row in rows))
编辑:以匹配更新的问题,这里是更新的解决方案;-)
for name, records in groupby(SeqIO.parse(some_genbank, 'gb'), lambda record:record.annotations['source']):
with open(name + ".faa", "w+") as outf:
for record in records:
write_all_record(outf, record)
关于python - 循环打开和关闭文件,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/34777323/