python - 如何从 python 中传输许多 bash 命令？

Question

您好，我正在尝试从 python 调用以下命令:

comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v "#" | sed "s/\t//g"

当 comm 命令的输入也通过管道传输时，我该如何进行调用？

是否有简单直接的方法来做到这一点？

我尝试了 subprocess 模块:

subprocess.call("comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v '#' | sed 's/\t//g'")

没有成功，它说: OSError: [Errno 2] 没有那个文件或目录

或者我是否必须单独创建不同的调用，然后使用 PIPE 传递它们，如子流程文档中所述:

p1 = Popen(["dmesg"], stdout=PIPE)
p2 = Popen(["grep", "hda"], stdin=p1.stdout, stdout=PIPE)
p1.stdout.close()  # Allow p1 to receive a SIGPIPE if p2 exits.
output = p2.communicate()[0]

Answer 1

进程替换 ( <() ) 是仅限 bash 的功能。因此，您需要一个 shell，但它不能只是任何 shell(例如 /bin/sh，在非 Windows 平台上由 shell=True 使用)——它需要是 bash。

subprocess.call(['bash', '-c', "comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v '#' | sed 's/\t//g'"])

顺便说一下，如果你打算使用任意文件名走这条路线，请将它们带外传递(如下所示:传递 _ 作为 $0 ， File1.txt 作为 $1 ，和File2.txt 作为 $2 ):

subprocess.call(['bash', '-c',
  '''comm -3 <(awk '{print $1}' "$1" | sort | uniq) '''
  '''        <(awk '{print $1}' "$2" | sort | uniq) '''
  '''        | grep -v '#' | tr -d "\t"''',
  '_', "File1.txt", "File2.txt"])

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也就是说，最佳实践方法确实是自己设置链。下面是用 Python 3.6 测试的(注意需要 pass_fds 到 subprocess.Popen 的参数才能使通过 /dev/fd/## 链接引用的文件描述符可用):

awk_filter='''! /#/ && !seen[$1]++ { print $1 }'''

p1 = subprocess.Popen(['awk', awk_filter],
                      stdin=open('File1.txt', 'r'),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p2 = subprocess.Popen(['sort', '-u'],
                      stdin=p1.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
p3 = subprocess.Popen(['awk', awk_filter],
                      stdin=open('File2.txt', 'r'),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p4 = subprocess.Popen(['sort', '-u'],
                      stdin=p3.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
p5 = subprocess.Popen(['comm', '-3',
                       ('/dev/fd/%d' % (p2.stdout.fileno(),)),
                       ('/dev/fd/%d' % (p4.stdout.fileno(),))],
                      pass_fds=(p2.stdout.fileno(), p4.stdout.fileno()),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p6 = subprocess.Popen(['tr', '-d', '\t'],
                      stdin=p5.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
result = p6.communicate()

这是更多的代码，但是(假设文件名在现实世界中被参数化)它也是更安全的代码——你不容易受到像 ShellShock 这样由启动 shell 的简单操作，无需担心带外传递变量以避免注入(inject)攻击(除了在命令参数的上下文中——比如 awk——它们本身就是脚本语言解释器) .

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也就是说，另一件需要考虑的事情就是用原生 Python 实现整个事情。

lines_1 = set(line.split()[0] for line in open('File1.txt', 'r') if not '#' in line)
lines_2 = set(line.split()[0] for line in open('File2.txt', 'r') if not '#' in line)
not_common = (lines_1 - lines_2) | (lines_2 - lines_1)
for line in sorted(not_common):
  print line