python - 使用python将字符数组转换为整数

Question

我有一段数据，它是字符数组的形式:

cgcgcg
aacacg
cgcaag
cgcacg
agaacg
cacaag
agcgcg
cgcaca
cacaca
agaacg
cgcacg
cgcgaa

请注意，每列仅包含两种类型的字符。我需要根据它们在列中的百分比将它们转换为整数 0 或 1。例如第一列有8个c和4个a，所以c占多数，那么我们需要将其编码为0，其他编码为1。

使用 zip() 我可以在 python 中转置这个数组，并将每一列放入列表中:

In [28]: lines = [l.strip() for l in open(inputfn)]

In [29]: list(zip(*lines))
Out[29]: 
[('c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c'),
 ('g', 'a', 'g', 'g', 'g', 'a', 'g', 'g', 'a', 'g', 'g', 'g'),
 ('c', 'c', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c'),
 ('g', 'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'g', 'a', 'a', 'a', 'a', 'g'),
 ('c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'c', 'c', 'c', 'a'),
 ('g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'a', 'a', 'g', 'g', 'a')]

没有必要将它们严格地转换为整数，即“c”到“0”或“c”到 int(0) 都可以，因为无论如何我们都会将它们写入制表符分隔的文件。

Answer 1

类似这样的事情:

lis = [('c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c'),
 ('g', 'a', 'g', 'g', 'g', 'a', 'g', 'g', 'a', 'g', 'g', 'g'),
 ('c', 'c', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c'),
 ('g', 'a', 'a', 'a', 'a', 'a', 'g', 'a', 'a', 'a', 'a', 'g'),
 ('c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'a', 'c', 'c', 'c', 'c', 'c', 'a'),
 ('g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'g', 'a', 'a', 'g', 'g', 'a')]
def solve(lis):
    for row in lis:
        item1, item2 = set(row)
        c1, c2 = row.count(item1), row.count(item2)
        dic = {item1 : int(c1 < c2), item2 : int(c2 < c1)}
        yield [dic[x] for x in row]
...         
>>> list(solve(lis))
[[0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0],
[0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
[1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1],
[0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
[0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1]]

使用collections.Counter:

from collections import Counter
def solve(lis):
    for row in lis:
        c = Counter(row)
        maxx = max(c.values())
        yield [int(c[x] < maxx) for x in row]
...         
>>> pprint(list(solve(lis)))
[[0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0],
 [0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0],
 [0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0],
 [1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1],
 [0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
 [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1]]