python - 寻找没有形状限制的 dataframe.apply()

Question

我想对较小数据帧时间序列的每一列分别进行样条插值，以创建比原始维度更大的更精细解析的数据帧时间序列。

因此，理想情况下，代码看起来与此类似(伪代码):

from scipy.interpolate import UnivariateSpline as Spline
import pandas as pd

few_times = pd.date_range(t0, t1, periods=10)
few_times_for_spline = few_times.values.astype('float')
many_times = pd.date_range(t0, t1, periods=1000)
many_times_for_spline = many_times.values.astype('float')

df_to_interp = pd.DataFrame(randn(10,100), index=few_times)

def do_spline(col):
    return Spline(few_times_for_spline, col)(many_times_for_spline)

df_to_interp.apply(do_spline)

但这给了我错误，因为尺寸不能强制为原始数据帧尺寸。我有点困惑为什么它不起作用，因为 df.groupby().apply() 允许更改返回值的尺寸。

到目前为止，我的解决方案是使用纯 numpy 并使用其函数 apply_along_axis:

pd.DataFrame(apply_along_axis(do_spline, 
                              0, 
                              df_to_interp.values), 
             index=many_times, 
             columns=df_to_interp.columns)

但我想知道是否没有更panda-esque的解决方案？

Answer 1

从 0.13 开始，您应该能够使用 reindex和interpolate执行此操作(只要您有 scipy )。

In [54]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(100, 4).cumsum(0)
, index=pd.DatetimeIndex(start='2010-01-01', freq='s', periods=100))

In [55]: many_idx = pd.DatetimeIndex(start=df.index[0], end=df.index[-1], freq='ms')

In [56]: df.index
Out[56]: 
<class 'pandas.tseries.index.DatetimeIndex'>
[2010-01-01 00:00:00, ..., 2010-01-01 00:01:39]
Length: 100, Freq: S, Timezone: None

In [57]: many_idx
Out[57]: 
<class 'pandas.tseries.index.DatetimeIndex'>
[2010-01-01 00:00:00, ..., 2010-01-01 00:01:39]
Length: 99001, Freq: L, Timezone: None

所以现在的想法是 reindex df至many_idx并填写结果 NaN带有样条线(每列单独)。 pandas/scipy 中似乎有一个错误，只是在做 df.reindex(many_idx).interpolate(method='spline', order=1)提示无法从 dtype('<M8[ns]') to dtype('float64') 转换索引数据类型，因此作为解决方法:

In [61]: df.reindex(many_idx).reset_index().interpolate(method='spline', order=1).set_index('index')
Out[61]: 
                                   0         1         2         3
index                                                             
2010-01-01 00:00:00        -0.623775  0.069668 -0.010604 -0.201834
2010-01-01 00:00:00.001000 -0.621875  0.569733  0.081842 -0.278664
2010-01-01 00:00:00.002000 -0.621800  0.570461  0.081998 -0.278531
2010-01-01 00:00:00.003000 -0.621725  0.571190  0.082153 -0.278397
2010-01-01 00:00:00.004000 -0.621651  0.571918  0.082308 -0.278263
2010-01-01 00:00:00.005000 -0.621576  0.572647  0.082463 -0.278130
2010-01-01 00:00:00.006000 -0.621502  0.573376  0.082618 -0.277996
2010-01-01 00:00:00.007000 -0.621427  0.574104  0.082774 -0.277862
2010-01-01 00:00:00.008000 -0.621352  0.574833  0.082929 -0.277729
2010-01-01 00:00:00.009000 -0.621278  0.575561  0.083084 -0.277595
2010-01-01 00:00:00.010000 -0.621203  0.576290  0.083239 -0.277462
2010-01-01 00:00:00.011000 -0.621128  0.577018  0.083395 -0.277328

这看起来像你想要的吗？