python - 对目录中的每个文件执行相同的命令

Question

我希望在构建 python 脚本时获得基本帮助，该脚本用于获取目录中的每个文件并在每个文件上执行相同的任务。我有大量蛋白质文件(FASTA 格式)，而我使用的程序仅允许一次搜索约 500 个条目。因此，我需要使用各种选项分别为 116 个文件运行该程序，例如“-N”和“-t 0.800”。我寻求帮助，我知道我必须导入操作系统等，但我从未使用过这些类型的系统命令并且迷失了。如有任何帮助，我们将不胜感激!

Answer 1

import subprocess
for fname in list_of_files:
    r = subprocess.call(('your_command_here', '-N', '-t', '0.800', fname))

subprocess.call 将运行您的命令，等待它完成并返回退出代码(上面称为 r)。

subprocess 非常强大。您可以阅读更多相关信息here .

更新:我从问题中假设您有一个文件列表。如果没有，也很容易获得一份 list 。例如，如果您的文件都有扩展名 .blah，则使用:

from glob import glob
list_of_files = glob('*.blah')

Python 模块 glob 接受所有常见的 shell 样式通配符。