python - 如何使用 rpy2 显示在 python 中创建的热图？

Question

我目前正在尝试使用 R 命令(使用 rpy2)从文本文件在 python 中生成热图。它在 R 中运行良好，但是当我将其带到 python 中时，Quartz 界面快速显示然后关闭。我希望能够将 quartz 显示保存到文件中，或者直接将热图保存到文件中而不显示它。

这是我一直在使用的代码:

import rpy2.robjects as robjects 

robjects.r('''
library("gplots")
data = read.csv("/Users/.../Heatmap_data.txt")
DF = data.frame(data)
MD = data.matrix(DF,rownames.force=NA)
heatmap.2(MD, scale="none", col=redgreen(100), cexRow=0.1, key=FALSE, symkey=FALSE, trace="none", Colv=FALSE)
''')

我在 OS X Yosemite 上使用 python 2.7。 感谢您的帮助。

Answer 1

import numpy as np
import rpy2.robjects as ro
import rpy2.robjects.numpy2ri
ro.numpy2ri.activate() 
R = ro.r

data = np.random.random((10, 10))
R.png(file='/tmp/out.png')
R.heatmap(data)
R("dev.off()")

writes to the file /tmp/out.png 不显示图像:

。

---

Preventing the displayed image from immediately closing可以这样做:

脚本.py:

import numpy as np
import rpy2.robjects as ro
import rpy2.robjects.numpy2ri
import rpy2.rinterface as rinterface
import time
import threading

ro.numpy2ri.activate() 
R = ro.r

def ion():
    def r_refresh(interval = 0.03):
        while True:
            rinterface.process_revents()
            time.sleep(interval)
    t = threading.Thread(target=r_refresh)
    t.daemon = True
    t.start()

ion()
data = np.random.random((10, 10))
R.heatmap(data)

R("dev.copy(png,'/tmp/out2.png')")
R("dev.off()")
try:
    # for Python2
    raw_input()
except NameError:
    # for Python3
    input()

raw_input 或 input 调用可防止 Python 解释器退出，从而允许窗口保持打开状态，直到用户按 Enter 键。

ion 函数 calls rinterface.process_revents() periodically所以 显示的窗口将对 GUI 事件使用react，例如调整大小或关闭。

dev.copy(png,'/tmp/out2.png') saves the already-displayed image to a file .