我有一个 list
l = ['ATCGGG','CGGGAT,CGGGAA','ATGGCC,CTCCCT,CTCCGT,TTAAGG']
我想计算列表中每个元素中字符串之间的汉明距离,并删除小于或等于另一个元素的汉明距离 1 的字符串。示例预期输出为
l = ['ATCGGG','CGGGAT','ATGGCC,CTCCCT,TTAAGG']
我知道如何计算两个字符串之间的汉明距离:
def hamming(s1, s2):
if len(s1) != len(s2):
raise ValueError("Undefined for sequences of unequal length")
return sum(ch1 != ch2 for ch1, ch2 in zip(s1, s2))
我无法正确迭代列表的元素。请问有什么好的办法吗?
最佳答案
这会产生您想要的输出:
result = []
for group in l:
pieces = group.split(",")
thischunk = []
for piece in pieces:
if all(hamming(piece, base) > 1 for base in thischunk):
thischunk.append(piece)
result.append(",".join(thischunk))
print(result)
输出为:
['ATCGGG', 'CGGGAT', 'ATGGCC,CTCCCT,TTAAGG']
关于python - 基于汉明距离从Python列表中删除字符串,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/37997674/