<分区>
我在将 python 中的字符串(python 变量)作为输入传递给命令行 (bash) 上的序列比对程序 (muscle) 时遇到问题。 muscle 可以从命令行获取标准输入，例如；
~# echo -e ">1\nATTTCTCT\n>2\nATTTCTCC" | muscle
MUSCLE v3.8.31 by Robert C. Edgar
http://www.drive5.com/muscle
This software is donated to the public domain.
Please cite: Edgar, R.C. Nucleic Acids Res 32(5), 1792-97.
- 2 seqs, max length 8, avg length 8
00:00:00 22 MB(2%) Iter 1 100.00% K-mer dist pass 1
00:00:00 22 MB(2%) Iter 1 100.00% K-mer dist pass 2
00:00:00 23 MB(2%) Iter 1 100.00% Align node
00:00:00 23 MB(2%) Iter 1 100.00% Root alignment
>1
ATTTCTCT
>2
ATTTCTCC
我所追求的就是这个 fasta 对齐(最后 4 行)——你可以重定向 muscle (echo -e ">1\nATTTCTCT\n>2\nATTTCTCC"| muscle > 输出。 file 以获得下游处理所需的 fasta 比对。但是要到达那里，我必须将“肌肉”传递给 FASTA 序列字符串，我认为最好通过 echo 在 bash 中如上。
因此，该脚本采用两个 multiFASTA 文件，并根据每个文件的 ID 列表对每个 FASTA 序列进行配对 - 这是有效的(尽管我意识到这可能不是最有效的方法 - 我是新手 python 用户)。然后我需要在计算距离/差异之前对齐 muscle 中的每个集合。
这是我目前所拥有的:
#! /env/python
from pairwise_distances import K2Pdistance
import pairwise_distances
import subprocess
from subprocess import call
import os
fasta1=['']
for line in open('test1.fasta'):
if not line.startswith('>'):
fasta1.append(line.strip())
fasta2=['']
for line in open('test2.fasta'):
if not line.startswith('>'):
fasta2.append(line.strip())
for l1, l2 in zip(open('test1.list'), open ('test2.list')):
try:
a=fasta1[int(l1)]
except IndexError,e:
a="GGG"
try:
b=fasta2[int(l2)]
except (IndexError):
b="CCC"
temp_align=str(">1"+'\n'+a+'\n'+">2"+'\n'+b)
first=subprocess.check_output(['echo','-e',temp_align])
print first
subprocess.call(['bash','muscle'], stdin=first.stdout)
print second
#new=K2Pdistance(outfast1,outfast2)
#subprocess.Popen(['bash','muscle'], stdin=subprocess.check_output(['echo','-e',temp_align], stdout=subprocess.PIPE).std.out)`
“temp_align”变量是我想传递给 muscle 的——它是将每个 multiFASTA 文件中适当的 fasta 序列组合在一起的结果，对于 ids/list 上的每个循环，其格式类似于 FASTA 文件。
这个问题是我可以 echo FASTA 字符串，但我似乎无法通过标准输入将其“传送”到肌肉...我得到的主要错误是:AttributeError: ' str' 对象没有属性 'stdout'。
~#python Beta3.py
>1
ATCGACTACT
>2
ATCGCGCTACT
Traceback (most recent call last):
File "Beta3.py", line 38, in <module>
subprocess.call(['bash','muscle'], stdin=first.stdout)
AttributeError: 'str' object has no attribute 'stdout'
子进程或其他命令行模块可以将字符串作为标准输入吗？如果没有，我不确定我如何回应然后进入肌肉...... 任何其他想法将不胜感激。我尝试了这个线程中的几个选项 unix.stackexchange
但还没有运气。
编辑:以下是一些示例文件:
~# cat test1.fasta
>1
ATCGACTACT
>2
ACTCAGTCA
>3
TTCACAGGG
~# cat test2.fasta
>1
ATCGCGCTACT
>2
GGCGTCAGTCA
>3
TTCAACCCCAGGG
~# cat test1.list
1
2
3
~# cat test2.list
1
3
2
编辑 2:上一篇文章是相关的，但我的问题是关于链接两个以 python 变量开头的 bash 命令，该变量是一个字符串...然后，理想情况下，将第二个命令的标准输出捕获回 python 变量...我不太明白如何将那个帖子的答案转化为我的特定问题的解决方案...我想我不完全理解张贴者试图做什么。