python - 导入大 iGraph 内存耗尽

Question

我正在尝试导入一个大的 LGL 文件(~2GB)，并且我正在尝试使用 igraph 导入它

graph = Graph.Read_Lgl("Biggraph.lgl")

它抛出的错误是

Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line8, in <module>
    graph = Graph.Read_Lgl("Biggraph.lgl")
igraph.core.InternalError: Error at foreign.c:359: Parse error in LGL file, line 9997 (memory exhausted), Parse Error

我不确定这里到底发生了什么。内存耗尽错误让我认为分配给 python(或底层 C)的内存在尝试读取文件时已被用完，但它几乎立即发生，就像它甚至没有一样尝试做很多事情。也许它会查看文件大小并说“哇，不能这样做。”

说实话，我不知道发生了什么。我对 iGraph 的假设是它可以处理非常大的图表，而且我不认为我的图表对于它来说太大了。

我确实自己生成了 lgl 文件，但我相信我的语法是正确的。这个错误看起来并不像是我的 lgl 文件有问题，但我可能是错的(“解析错误”有点让我害怕)。

我只是想在这里尝试一下，看看是否有人更热衷于 iGraph 的操作方式，知道如何快速解决这个问题(或扩展内存)。谢谢。

Answer 1

郑重声明，发布者在 igraph 库中发现了一个错误，我们正在努力修复。该问题是由 LGL 格式的 bison 解析器规范中的右递归规则引起的。一旦我们在项目主干中有一个官方补丁，如果其他人遇到同样的问题，我会在这里发布补丁的 URL。

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更新: 补丁的 URL 是:

• http://bazaar.launchpad.net/~igraph/igraph/0.5-main/revision/1696 (适用于 igraph 0.5.x)
• http://bazaar.launchpad.net/~igraph/igraph/0.6-main/revision/2543 (适用于 igraph 0.6)