python - Numpy，3d 数组的所有成对相关性

Question

我有一个形状为 (l,m,n) 的数组。我正在尝试计算形状为 (l,m,n) 的距离矩阵，其中条目 (i,j,k) 是向量 (i,j,:) 和 (i,:,k) 之间的系数。我在 numpy 或 scipy 中没有找到任何符合要求的内容。

我尝试使用 for 循环并沿轴 0 迭代，然后将其提供给 scipy.spatial.distance.pdist，但这需要很长时间，因为 pdist 本身使用嵌套的 for 循环。本质上，我想要做的是沿着轴 0 执行 pdist，但理想情况下使 pdist 也不使用 for 循环......

有什么想法吗？

Answer 1

我个人会编写一个小的 Cython 函数来执行此操作( http://cython.org )。编写并测试迭代纯 Python 版本(带有 for 循环)，将其移至 .pyx Cython 文件，添加类型声明并遵循 NumPy 集成指南:

http://docs.cython.org/src/tutorial/numpy.html

可能看起来像是工作，但如果您使用 Python 进行计算，一些基本的 Cython 技能非常值得培养，因为它使编写 C 扩展变得更加容易。