python - 扫描阅读框架[3] Python

Question

我正在尝试编写一个脚本，该脚本可以使用 3 的阅读框架来检测特定模式，然后从该序列中，以 3 的倍数查找另一个模式

sequence = 'TCATGAGGCTTTGGTAAATAT'

我需要它:

...使用 3 的阅读框进行扫描，直到找到所需的模式(即“ATG”)

...标记原始序列中第一个模式(“ATG”)开始的位置以及第二个模式(“TAA”)开始的位置。在本例中，“ATG”的位置为 3，“TAA”的位置为 15。

...创建一个列表，其中每个三元组遵循第一个模式，直到到达第二个模式“TAA”(即“ATG”、“AGG”、“CTT”、TGG”、“TAA”)

如何构建一个阅读框架来以 3 为一组进行阅读？我知道，一旦我找到一种方法来获取读数，我可以创建一个 if 语句说

reading_frame=[]

for frame in sequence:
    if k == 'ATG':
        reading_frame.append(k)

首先我需要阅读框架

Answer 1

您可以首先将序列分解为一系列3元素框架

sequence = 'TCATGAGGCTTTGGTAAATAT'
frames = [sequence[i:i+3] for i in range(0,len(sequence),3)]
print "Frames:",frames
frames_before_ATG,frames_after_ATG = frames[:frames.index("ATG")],frames[frames.index("ATG")+1:]

然后迭代frames列表，直到找到第一个模式。