python - 使用 python 识别两个文件中的坐标匹配

Question

我有两组描述原子位置的数据。它们位于我想要比较的单独文件中，目的是通过坐标识别匹配的原子。这两种情况下的数据如下所示，并且条目数量最多为 1000 个左右。这些文件具有不同的长度，因为它们描述了不同大小的系统并具有以下格式:

   1   ,    0.000000000000E+00  0.000000000000E+00    
   2   ,   0.000000000000E+00  2.468958660000E+00  
   3   ,    0.000000000000E+00 -2.468958660000E+00  
   4   ,   2.138180920454E+00 -1.234479330000E+00  
   5   ,    2.138180920454E+00  1.234479330000E+00

第一列是条目 ID，第二列是 x,y 中的一组坐标。

我想要做的是比较两组数据中的坐标，识别匹配项和相应的 ID，例如“文件 1 中的条目 3 对应于文件 2 中的条目 6”。我将使用此信息来更改文件 2 中的坐标值。

我已经逐行读取了文件，并使用命令将它们分成每行两个条目，然后将它们放入列表中，但对于如何指定比较位有点困惑 - 特别是告诉它仅比较第二个条目，同时能够调用第一个条目。我想这需要循环？

到目前为止，代码如下所示:

open1 = open('./3x3supercell_coord_clean','r')
openA = open('./6x6supercell_coord_clean','r')

small_list=[]

for line in open1:
    stripped_small_line = line.strip()
    column_small = stripped_small_line.split(",") 
    small_list.append(column_small)

big_list=[]

for line in openA:
    stripped_big_line = line.strip()
    column_big = stripped_big_line.split(",")
    big_list.append(column_big)

print small_list[2][1] #prints out coords only

Answer 1

使用以坐标为键的字典。

data1 = """1   ,    0.000000000000E+00  0.000000000000E+00    
   2   ,   0.000000000000E+00  2.468958660000E+00  
   3   ,    0.000000000000E+00 -2.468958660000E+00  
   4   ,   2.138180920454E+00 -1.234479330000E+00  
   5   ,    2.138180920454E+00  1.234479330000E+00"""

# Read data1 into a list of tupes (id, x, y)
coords1 = [(int(line[0]), float(line[2]), float(line[3])) for line in
           (line.split() for line in data1.split("\n"))]

# This dictionary will map (x, y) -> id
coordsToIds = {}

# Add coords1 to this dictionary.
for id, x, y in coords1:
    coordsToIds[(x, y)] = id

# Read coords2 the same way.
# Left as an exercise to the reader.

# Look up each of coords2 in the dictionary.
for id, x, y in coords2:
    if (x, y) in coordsToIds:
        print(coordsToIds[(x, y)] # the ID in coords1

请注意，比较 float 始终是一个问题。