python - 如何将时间序列数据输入自动编码器网络进行特征提取？

Question

我正在尝试为我的数据集从头开始创建一个自动编码器。它是一种用于特征提取的变分自编码器。我是机器学习的新手，我想知道如何将我的输入数据提供给自动编码器。

我的数据是时间序列数据。如下所示:

array([[[  10,   0,   10, ..., 10,   0,   0],
        ...,

        [  0,   12,   32, ...,  2,  2,  2]],

         [[ 0,  3,  7, ...,  7,  3,  0],
        .....
        [ 0,  2,  3, ...,  3,  4,  6]],

       [[1, 3, 1, ..., 0, 10, 2],
        ...,

        [2, 11, 12, ..., 1, 1, 8]]], dtype=int64)

是一叠数组，形状为(3, 1212, 700)。 我在哪里传递标签？

网上的例子比较简单，实际如何喂数据没有详细说明。任何示例或解释都将非常有帮助。

Answer 1

这可以使用生成器来解决。生成器获取 700 个数据点的时间序列数据，每个数据点具有 3 个 channel 和 1212 个时间步长，并输出一个批处理。 在我写的例子中，每个批处理都是相同的时间段，例如批处理 0 是 700 个样本中每个样本的前 10 个时间步长，批处理 1 是 700 个样本中每个样本的时间步长 1:11。如果你想以某种方式混合它，那么你应该编辑生成器。当每个批处理都经过测试和训练时，epoch 结束。对于神经网络来说，一个非常简单的编码器、解码器模型就足以证明这个概念——但你可能会想用你自己的模型来替换。变量 n 用于确定自动编码器使用了多少时间步。

import numpy as np
import pandas as pd
import keras
from keras.layers import Dense, Flatten
from tensorflow.python.client import device_lib
# check for my gpu 
print(device_lib.list_local_devices())


# make some fake data

# your data
data = np.random.random((3, 1212, 700))

# this is a generator
def image_generator(data, n):
    start = 0
    end = n
    while end < data.shape[1] -1:
        last_n_steps = data[:,start:end].T
        yield (last_n_steps, last_n_steps)
        start +=1
        end +=1
        # the generator MUST loop
        if end == data.shape[1] -1:
            start = 0
            end = n

n = 10
# basic model - replace with your own
encoder_input = Input(shape = (n,3), name = "encoder_input")
fc = Flatten()(encoder_input)
fc = Dense(100, activation='relu',name = "fc1")(fc)
encoder_output = Dense(5, activation='sigmoid',name = "encoder_output")(fc)

encoder = Model(encoder_input,encoder_output)

decoder_input = Input(shape = encoder.layers[-1].output_shape[1:], name = "decoder_input")
fc = Dense(100, activation='relu',name = "fc2")(decoder_input)
output = Dense(5, activation='sigmoid',name = "output")(fc)

decoder = Model(decoder_input,output)

combined_model_input = Input(shape = (n,3), name = "combined_model_input")
autoencoder = Model(combined_model_input, decoder(encoder(combined_model_input)))

model = Model(input_layer,output_layer)
model.compile(optimizer="adam", loss='mean_squared_error')
print(model.summary())

#and training

training_history = model.fit_generator(image_generator(data, n),
                    epochs =5,
                    initial_epoch = 0,
                    steps_per_epoch=data.shape[2]-n,
                    verbose=1
                   )