我尝试了多种方法，并遵循了网络上散布的一些关于如何在 HDF5 中编写锯齿状数组(可能具有不同长度的数组)的示例。
大多数示例都是用 C 语言编写的，而且级别相当低。无论如何，我似乎无法让它工作，我只是查看了 C 源代码，它几乎说不支持任何不是字符串的可变长度数据类型(如果我理解正确的话)。
我悲惨的功能失调代码(原样):
public void WIP_createVLenFloatDataSet( List<? extends Number> floats ) throws Exception
{
String group = "/test";
long groupId = createGroupIfNotExist( group );
MDataQualifier qualifier = new MDataQualifierImpl( group, "float", "0.0.0" );
long datasetId = openDataSet( qualifier );
long heapType = H5.H5Tcopy( MDataType.FLOAT_ARRAY.getHDFType() );
heapType = H5.H5Tvlen_create( heapType );
// heapType = H5.H5Tarray_create( heapType, 1, new long[]{1} );
if( !exists( datasetId ) )
{
long[] maxDims = new long[]{ HDF5Constants.H5S_UNLIMITED };
long dataspaceId = H5.H5Screate_simple( 1, new long[]{ 1 }, null );
// Create the dataset.
long datasetId1 = -1;
try
{
if( exists( m_fileId ) && exists( dataspaceId ) && exists( heapType ) )
{
long creationProperties = H5.H5Pcreate( HDF5Constants.H5P_DATASET_CREATE );
H5.H5Pset_chunk( creationProperties, /*ndims*/1, new long[]{ 1 } );
datasetId1 = H5.H5Dcreate( groupId, qualifier.getVersionedName(), heapType, dataspaceId, H5P_DEFAULT, creationProperties, H5P_DEFAULT );
// H5.H5Pclose( creationProperties );
}
}
catch( Exception e )
{
LOG.error( "Problems creating the dataset: " + e.getMessage(), e );
}
datasetId = datasetId1;
if( exists( datasetId ) )
{
// flushIfNecessary();
LOG.trace( "Wrote empty dataset {}", qualifier.getVersionedName() );
}
}
List<? extends Number> data = ( List<? extends Number> )floats;
// H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, dataspaceId, memSpaceId, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, Floats.toArray( data) );
ByteBuffer bb = ByteBuffer.allocate( data.size() * 4 );
floats.forEach( f -> bb.putFloat( f.floatValue() ) );
// H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, Floats.toArray( data ) );
H5.H5Dwrite( datasetId, heapType, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, bb.array() );
}
有没有人以前做过这个并且至少可以确认这是不可能的？ 我能从 HDF5 中得到的最多信息是“buf 不支持可变长度类型”。
最佳答案
显然 JNI 包装器的“胶水代码”不支持这一点。如果你想使用这个特性，你要么实现你自己的 JNI，要么等待更新的版本。官方JNI代码是开源的，可以找到here .
关于java - 使用 Java native 库在 HDF5 中编写锯齿状数组，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/55657853/