java - MATLAB + JNI = 错误？

Question

有人使用过 MATLAB 的 javaObject() 函数以及使用 JNI 的 JAR 文件吗？

我正在尝试让 JHDF5 运行，但当它尝试使用 jhdf5.dll 进行访问时，它似乎会崩溃，所以我真的不知道下一步该怎么做。 :(

编辑:我不尝试读取基本的 HDF5 文件。我有自己的自定义 Java 代码，它使用 HDF5 执行某些操作，并且需要 JHDF5 库。另外，我的第一个问题是是否有人成功地使用过它。如果不是，那么我可能正在打一场失败的战斗。如果是这样，至少它给了我希望。我会尝试调试一下，与在 Eclipse 下调试常规 Java 代码相比，这是非常困难的。

更新:好的，具体细节如下。我做了一个非常短的测试类，它具有与我的复杂程序相同的故障模式。由于某种原因，我的 Java 类似乎无法访问 HDF5 静态常量。

我的 MATLAB javaclasspath 设置为包含我的 test-hdf5.jar 和 Test1.java(如下)，以及文件 jhdf5.jar、jhdf5.dll、jhdf5obj .jar 和 jhdfobj.jar 在同一目录中。

源文件Test1.java:

package com.example.test.hdf5;

import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;
import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;
import ncsa.hdf.hdf5lib.exceptions.HDF5LibraryException;
import ncsa.hdf.object.FileFormat;
import ncsa.hdf.object.h5.H5File;

public class Test1 {
    public Test1 () {}

    public static void main(String args[])
    {
        Test1 test = new Test1();
        if (args.length < 2)
        {

        }
        else if ("h5file".equals(args[0]))
        {
            test.testH5File(args[1]);
        }
        else if ("h5f".equals(args[0]))
        {
            test.testH5F(args[1]);          
        }
    }


    public void testH5File(String filename) {
        H5File file;
        try
        {
            file = (H5File) new H5File().createFile(
                    filename, FileFormat.FILE_CREATE_OPEN);
            file.close();
        }
        catch (Exception e)
        {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }

    public void testH5F(String filename) {
        try {
            int id = H5.H5Fopen(filename, 
                    HDF5Constants.H5F_ACC_RDONLY, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
            H5.H5Fclose(id);
        }
        catch (HDF5LibraryException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
        catch (NullPointerException e) {
            throw new RuntimeException(e);
        }
    }
}

MATLAB 错误:

>> T=javaObject('com.example.test.hdf5.Test1')

T =

com.example.test.hdf5.Test1@c9a375

>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
java.lang.UnsatisfiedLinkError: no jhdf5 in java.library.path
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(Unknown Source)
    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Unknown Source)
    at java.lang.System.loadLibrary(Unknown Source)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:276)
    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)
    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)
Jul 23, 2009 10:38:16 AM ncsa.hdf.hdf5lib.H5 <clinit>

INFO: HDF5 library: jhdf5 resolved to: jhdf5.dll;  NOT successfully loaded from java.library.path

??? Java exception occurred:
java.lang.UnsatisfiedLinkError: ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit()I

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.H5dont_atexit(Native Method)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.H5.<clinit>(H5.java:288)

    at ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants.<clinit>(HDF5Constants.java:494)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5F('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5F(Test1.java:46)


>> T.testH5File('c:/tmp/espdf/jj11copy.hdf5')
??? Java exception occurred:
java.lang.NoClassDefFoundError: Could not initialize class ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:167)

    at ncsa.hdf.object.h5.H5File.<init>(H5File.java:106)

    at com.example.test.hdf5.Test1.testH5File(Test1.java:34)

如果重要的话，这是我正在使用的 ant 构建文件。 JHDF5 .jar 文件和 .dll 位于我的 lib 目录中；它们被复制到创建我自己的 .jar 文件的 dist 目录。

<?xml version="1.0"?>
<project default="all" name="test-hdf5">
  <description>some libraries to use later</description>

  <property name="srcDir" location="src"/>
  <property name="buildDir" location="bin"/>
  <property name="distDir" location="dist"/>
  <property name="libDir" location="lib"/>

  <target name="init">
    <tstamp/>
    <mkdir dir="${buildDir}"/>
    <mkdir dir="${distDir}"/>
  </target>
      <path id="antclasspath">
        <fileset dir="${libDir}">
            <include name="*.jar"/>
        </fileset>
    </path>  

    <target name="compile" depends="init">
        <javac srcdir="${srcDir}"
               destdir="${buildDir}"
               debug="on"
               target="1.6"
               classpathref="antclasspath"
        />
      </target>

  <target name="dist" depends="compile">
    <copy todir="${buildDir}">
        <fileset dir="${srcDir}">
            <include name="*.properties" />
        </fileset>
    </copy>
    <copy todir="${distDir}">
       <fileset dir="${libDir}">
           <include name="*.dll" />
           <include name="*.jar" />
       </fileset>
    </copy>
    <jar destfile="${distDir}/test-hdf5.jar" basedir="${buildDir}"
        includes="**">
      <manifest>
        <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
        <attribute name="Main-Class" value="com.example.test.hdf5.Test1" />
        <attribute name="Class-Path" value=". ./jhdf5.jar ./jhdfobj.jar ./jdhf5obj.jar" />
      </manifest>
    </jar>
  </target>

  <target name="all" depends="dist" />

  <target name="clean" >
    <delete dir="${buildDir}" />
  </target>
</project>

Answer 1

JHDF5 在 Java 端使用一些愚蠢的搜索逻辑来加载 dll。它有效，除非有时无效，而这种情况经常发生。与许多 HDF5 细节一样，底层逻辑没有记录。

我这样做了:获取了 JHDF5 Java 源代码，删除了尝试加载 jhdf5.dll 的愚蠢 AI(它位于 ncsa/hdf/hdf5lib/H5.java 文件中，大约第 230-290 行中的 static 部分) ，并将其替换为显式 System.load("full/path/to/the/jhdf5.dll");陈述。然后重新编译jhdf5.jar。也许不漂亮，但效果很好。

此外，查看源代码，似乎如果您设置一个名为 H5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY 的系统属性指向 dll，它可能会被加载。例如，您可以通过使用 -D 开关启动 jvm 来设置系统属性，例如:

java -DH5_LIBRARY_NAME_PROPERTY_KEY=path/to/the/jhdf5.dll -jar yourapp.jar

不过没试过。