通过 qsub 运行 R 脚本

Question

我正在尝试通过 qsub 运行名为 test.r 的 R 脚本。我的R脚本如下:

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
write.csv(x,"test.csv")

如果我在 Ubuntu 终端中键入 R CMD BATCH test.r，那么脚本会按计划运行； test.csv 在同一目录中导出。

但是，如果我创建一个名为 testbash.sh 的 bash 脚本并通过命令 qsub testbash.sh 运行它；它会无错误地运行，但输出不会在那里。

#!/usr/bin/bash
R CMD BATCH test.r

如何解决这个问题？

Answer 1

尝试将您的 R 脚本修改为:

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
print(getwd())
write.csv(x,"test.csv")

当您通过qsub 运行脚本时，该脚本通常在另一台服务器上运行，默认情况下在您的主目录中运行。您需要更改到脚本中的原始目录，为此有一个变量 PBS_O_WORKDIR:

#!/usr/bin/bash
#PBS -N qsub_R_test
echo We are in the $PWD directory
cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in $PBS_O_WORKDIR, running an R script.
R --vanilla < test.r > test.log 2> test.log

我通常不能使用 R CMD BATCH，但可以重定向到 R -vanilla。您还可以在脚本中指定 PBS 的选项，以 #PBS 开头，例如本例中的作业名称 (qsub_R_test)。

您可以在此处获得更详细的 qsub 参数列表: http://www.csc.fi/english/pages/louhi_guide/batch_jobs/commands/qsub

这里是一个 PBS 脚本的例子: http://bose.utmb.edu/Compu_Center/Cluster_users/PBS%20HOWTO/PBS_HOW_TO.html