bash - 将数组传递给 GNU Parallel 以替换 for 循环

Question

a) 我想并行运行 2 个脚本

b) 我想在这些脚本中并行执行我的 for 循环。

在我有这段代码之前:

for year in 2000 2001 2002 2003; do

  echo $year" LST data being merged"

  cd $base_data_dir/$year

  # this is the part that takes a long time
  cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/LST_$year.nc

done

我想使用 GNU Parallel 来尝试并行运行它。

我尝试了以下内容:

a) 创建一个调用其他脚本的“ Controller ”脚本

b) 传入一个数组作为 GNU parallel 的参数

Controller 脚本

# 1. Create monthly LST for each year

cd $working_dir
seq 2000 2003 | parallel 'bash create_yearly_LST_files.sh {}'

# 2. Create monthly NDVI for each year

cd $working_dir
seq 2000 2003 | parallel 'bash create_yearly_NDVI_files.sh {}'

这应该并行运行以下内容:

bash create_yearly_LST_files.sh 2000
bash create_yearly_LST_files.sh 2001
...

bash create_yearly_NDVI_files.sh 2000
bash create_yearly_NDVI_files.sh 2001
...

处理脚本(NDVI同理)

year="$1"
echo $year" LST data being merged"
cd $base_data_dir/$year

cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/LST_$year.nc

所以命令应该是:

cd $base_data_dir/2000
cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/LST_2000.nc

cd $base_data_dir/2001
cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/LST_2001.nc
...

cd $base_data_dir/2000
cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/NDVI_2000.nc

cd $base_data_dir/2001
cdo -f nc2 mergetime *.nc $output_dir/NDVI_2001.nc
...

我的问题:

这些进程在我的新代码中仍然有效，但没有性能提升。

任何人都可以帮助我了解如何通过每年并行运行吗？

同时运行两个脚本(create_yearly_LST_files.sh 和 create_yearly_NDVI_files.sh)

Answer 1

使用 GNU Parallel:

cd $working_dir
parallel 'cd {}; cdo -f nc2 mergetime *.nc xxx/LST_{}.nc' ::: {2000..2003}