RMarkdown 从 bash block 访问参数

标签 r bash r-markdown

我创建了一个带参数的 RMarkdown 文件 file.Rmd

我知道如何访问 r chunk 中的参数,但不知道如何访问 bash chunk

如果实在不行,我会通过r chunk把参数写到一个文件里,然后从bash chunk中读取...

---
output: html_document
params:
  myParam1:
    label: "Choose 1st parameter"
    value: 20
    input: slider
    min: 0
    max: 100
  myParam2:
    label: "Choose 2nd parameter"
    value: "Hello"
    input: text
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r, echo=FALSE}
print(paste("1st parameter :",params$myParam1))
print(paste("2nd parameter :",params$myParam2))
```

```{bash}
# Don't know how to get parameters here
echo $params
```

谢谢

最佳答案

我看到了一些选择

  1. 使用Sys.setenvR to bash 导出变量,因此将此行添加到 R block 中。

    Sys.setenv(params = params$myParam1)

  2. 使用 runr package

关于RMarkdown 从 bash block 访问参数,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/43516681/

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