regex - 使用 perl 表达式批量重命名文件

Question

这应该是很多人的基本问题，但我是一个没有编程背景的生物学家，所以请原谅我的问题。

我想做的是重命名大约 100,000 个具有现有代码名称的 gzip 数据文件(例如:XG453834.fasta.gz)。我想将它们命名为我易于阅读和解析的名称(例如:Xanthomonas_galactus_str_453.fasta.gz)。

我尝试过使用 sed、rename 和 mmv，但都无济于事。如果我在一次性脚本上使用这些命令中的任何一个，那么它们都可以正常工作，只是当我尝试将变量合并到 shell 脚本中时，我会遇到问题。我没有收到任何错误，只是没有更改名称，所以我怀疑这是一个 I/O 错误。

这是我的文件的样子:

#! /bin/bash
# change a bunch of file names
file=names.txt

while IFS=' '  read -r r1 r2;
do
    mmv ''$r1'.fasta.gz' ''$r2'.fasta.gz'
    # or I tried many versions of: sed -i 's/"$r1"/"$r2"/' *.gz
    # and I tried many versions of: rename -i 's/$r1/$r2/' *.gz

done < "$file"

...这是我的 txt 文件的第一行，带有单个空格分隔符:

    cat names.txt

   #find #replace 
   code1 name1
   code2 name2
   code3 name3

我知道我可以用 python 或 perl 来做到这一点，但由于我被困在这里处理这个特定的脚本，我想找到一个简单的解决方案来修复这个 bash 脚本并弄清楚我做错了什么。非常感谢您提供的任何帮助。

此外，我尝试cat 名称文件(请参阅下面Ashoka Lella 的评论)，然后使用awk 移动/重命名。一些文件有变量名(但总是以代码开头)，所以我正在寻找一个查找和替换选项，以将“代码”替换为“名称”并保留文件名结构。

我怀疑我并没有在 perl 表达式的单个勾号内转义变量，但我已经翻阅了很多手册，但找不到执行此操作的方法。

Answer 1

如果您绝对确定文件名不包含制表符的空格，您可以尝试下一个

xargs -n2 < names.txt echo mv

这是为了 DRY 运行(将只打印将要执行的操作)- 如果您对结果满意，请删除 echo ...

如果你想检查目标是否存在，使用

xargs -n2 < names.txt echo mv -i

如果你想永远不允许覆盖目标使用

xargs -n2 < names.txt echo mv -n

再次，如果您满意，请删除 echo。