r - 让 Rscript 读取或从标准输入获取输入

Question

当给定一个文件名作为参数时，我看到了如何让 Rscript 执行我想要的操作，例如如果我的 Rscript 被称为 script 并且包含:

#!/usr/bin/Rscript 
path <- commandArgs()[1]
writeLines(readLines(path))

然后我可以从 bash 命令行运行:

Rscript script filename.Rmd --args dev='svg'

并成功获得 filename.Rmd 的内容回显给我。如果不是向上面的参数传递一个像 filename.Rmd 这样的文件名，我想从 stdin 传递文本，我尝试修改我的脚本以从 stdin 读取:

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(file("stdin"))

但我不知道如何为这种情况构造命令行调用。我尝试在内容中添加管道:

cat filename.Rmd | Rscript script --args dev='svg'

还尝试了重定向:

Rscript script --args dev='svg' < filename.Rmd

无论哪种方式我都会得到错误:

Error in writeLines(file("stdin")) : invalid 'text' argument

(我也尝试过 open(file("stdin")))。我不确定我是否错误地构建了 Rscript，或者错误地构建了命令行参数，或者两者兼而有之。

Answer 1

您需要从 file("stdin") 创建的连接中读取文本，以便将任何有用的信息传递给 writeLines() 的 text 参数。这应该有效

#!/usr/bin/Rscript 
writeLines(readLines(file("stdin")))