考虑以下在 Linux 机器上运行的程序,它打开一个 gzip 压缩的输入文件:
#!/usr/bin/env perl
open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($fileHandle);
按预期工作(它什么都不做,但不打印错误):
$ bar.pl file.gz
$
现在,如果我使用相同的代码但之前连接到 MySQL 数据库,gzip 会报错(您可以直接运行代码,这是一个开放的数据库,凭据将起作用):
#!/usr/bin/env perl
use DBI;
use strict;
use warnings;
my $dsn = "DBI:mysql:database=hg19;host=genome-mysql.cse.ucsc.edu";
my $db = DBI->connect($dsn, 'genomep', 'password');
my $dbResults = $db->prepare("show tables");
my $ret = $dbResults->execute();
$dbResults->finish();
$db->disconnect();
open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);
运行上面给出:
$ foo.pl file.gz
gzip: stdout: Broken pipe
这显然是一个复杂得多的程序的一部分,但我设法将其缩减为重现该问题的愚蠢片段。
这是怎么回事?为什么连接到数据库会影响 gzip 的行为方式?请注意,一切似乎都正常(在实际程序中,我对 gzip 数据做了一些有用的事情)但为什么我会收到该错误消息?
事实证明,此行为特定于(稍)旧版本的 Perl 和/或 DBI。在失败的机器上,我有:
- Ubuntu
- 为 x86_64-linux-gnu-thread-multi 构建的 Perl 5,版本 22,subversion 1 (v5.22.1)
- DBI 1.634
- DBD 4.033
- gzip 1.6
然而,在另外两台机器上它确实有效。这些有:
- Ubuntu
- 为 x86_64-linux-gnu-thread-multi 构建的 Perl 5,版本 26,subversion 1 (v5.26.1)
- DBI 1.640
- DBD 4.033
- gzip 1.6
和
- Arch Linux
- 为 x86_64-linux-thread-multi 构建的 Perl 5,版本 30,subversion 0 (v5.30.0)
- DBI 1.642
- DBD 4.050
- gzip 1.10
最佳答案
至少在这里,似乎 MySQL 库(可能)正在屏蔽(忽略)SIGPIPE,这就是您所看到的。比较 strace 输出,我在 MySQL 运行中看到这样一行:
rt_sigaction(SIGPIPE, {sa_handler=SIG_IGN, sa_mask=[PIPE], sa_flags=SA_RESTORER|SA_RESTART, sa_restorer=0x7f78bdf16840}, {sa_handler=SIG_DFL, sa_mask=[], sa_flags=0}, 8) = 0
事实证明,您可以在不使用 MySQL 的情况下轻松复制该行为:
$SIG{PIPE} = 'IGNORE';
open (my $fileHandle, "-|", "/bin/zcat $ARGV[0]");
my $ff = <$fileHandle>;
close($ff);
或者,您可以将信号重置为默认处理程序以使消息消失,即使通过将其设置为 DEFAULT
而不是 IGNORE
连接到 MySQL 后也是如此.
顺便说一句,这是documented behavior of the MySQL library :
To avoid aborting the program when a connection terminates, MySQL blocks SIGPIPE on the first call to mysql_library_init(), mysql_init(), or mysql_connect().
(它也可能取决于 gzip 版本;也许某些 gzip 版本会在 init 上设置信号处理程序。)
最终,您看到的是,如果 gzip 收到 SIGPIPE,它就会退出。如果它从写入返回错误(因为 SIGPIPE 被忽略),它会打印一条错误消息。
关于mysql - Perl 在打开 gzip 文件时给出 "gzip: stdout: Broken pipe"错误,但前提是连接到数据库,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/57625550/