Python:绝对路径问题

Question

我有几个文件存储在名为 controlFiles 的文件夹中。该文件夹的路径是Users/Desktop/myproject/controlFiles。

我正在尝试使用以下代码在 python 脚本中运行子进程命令:

def codeml(codeml_location, control_location):
    runPath = codeml_location + '/codeml'
    for file in os.listdir(control_location):
        ctlPath = os.path.abspath(file)
        subprocess.call([runPath, ctlPath])

该脚本的功能是运行一个名为 codeml 的命令行工具，第一个参数是 codeml 可执行文件的位置，第二个参数是 codeml 使用的控制文件的文件夹。当我运行此脚本时，codeml 运行，但出现错误:

error when opening file /Users/Desktop/myproject/subtree.39.tre.ctl
tell me the full path-name of the file? 

我的困惑来自于这样一个事实:controlFiles 文件夹不在该路径中，但它仍然标识该文件夹中的文件。

为了检查我是否输入了正确的 control_location 参数，我编辑了代码:

def codeml(codeml_location, control_location):
    runPath = codeml_location + '/codeml'
    for file in os.listdir(control_location):
        print os.path.abspath(file)

运行此命令会打印 controlFiles 文件夹中的所有文件，但同样不会在路径中显示该文件夹。以下是打印输出的示例:

/Users/Desktop/myproject/subtree.68.tre.ctl
/Users/Desktop/myproject/subtree.69.tre.ctl
/Users/Desktop/myproject/subtree.70.tre.ctl
/Users/Desktop/myproject/subtree.71.tre.ctl

要运行该函数，我的控制位置参数是:

control_location = /Users/Desktop/myproject/controlFiles

最后一点是，我在终端中的工作目录是/Users/Desktop/myproject，这是因为这是我的 Click 项目的位置。为什么会拾取文件而不是包含它们的文件夹？

Answer 1

os.listdir 确实列出了 control_location 目录中的文件名，而不是当前工作路径中的文件名。因此，您必须将文件名与路径control_location连接起来:

for file in os.listdir(control_location):
    ctlPath = os.path.abspath(os.path.join(control_location, file))