Python NetworkX 从关联矩阵创建图形

Question

我有一个关联矩阵(其中行是节点，列是边)如下(它是从文本文件读入 NumPy 数组):

[[1 1 1 1 1 1 1 1 1 1]
 [1 1 1 1 1 1 1 0 0 0]
 [1 1 1 1 1 0 1 1 0 0]
 [0 0 1 1 1 0 1 0 0 0]
 [1 1 1 1 1 1 0 0 0 0]
 [1 1 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [1 0 1 0 0 1 0 1 0 0]
 [0 1 0 1 1 0 0 0 0 0]
 [1 1 1 0 0 1 0 0 0 0]
 [0 0 1 1 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 1 0 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 0 0 0 0 0 1 1 0 0]
 [1 1 0 0 0 0 1 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 1 0 0 0 0]
 [1 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 1 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [1 0 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 1 0 0 0 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 1 0 0 0 0 0 0 0]
 [0 0 0 0 0 0 1 0 0 0]
 [0 1 0 0 0 0 0 0 0 0]]

我想使用 NetworkX 从这个矩阵创建一个图形，但找不到如何做到这一点。 NetworkX from_numpy_matrix仅适用于邻接矩阵。 Here是如何使用 NetworkX 创建关联矩阵的一个很好的示例(但这不是我的情况，因为我已经有一个关联矩阵开始了)。我也试过this ，但得到了讨厌的错误:

File "C:\Python27\lib\site-packages\networkx\convert.py", line 150, in to_networkx_graph
    "Input is not a correct numpy matrix or array.")
networkx.exception.NetworkXError: Input is not a correct numpy matrix or array.

看似简单的问题，但也许并非如此。谁能帮我解决这个问题？

提前致谢!

Answer 1

Networkx 有一个方便的 nx.from_numpy_matrix function采用邻接矩阵，所以一旦我们将关联矩阵转换为邻接矩阵，我们就很好了。

假设我们从关联矩阵开始

im = np.array([[0, 1, 1], [0, 1, 1], [0, 0, 0]])

要将其转换为邻接矩阵，首先让我们看看连接了哪些节点:

am = (np.dot(im, im.T) > 0).astype(int)

这里我们只是检查任意两个节点之间是否至少有一条边。

如果你想去除自循环，你可以调用

np.fill_diagonal(am, 0)

现在让我们看看 am:

>>> am
array([[0, 1, 0],
       [1, 0, 0],
       [0, 0, 0]])

要创建图形，现在我们可以调用

networkx.from_numpy_matrix(am)