来自以下数据:
data01 =
pos ids sample1_value sample2_value
2969 a:b:c 12:13:15 12:13:15
3222 a:b:c 13:13:16 21:33:41
3416 a:b:c 19:13:18 21:33:41
5207 a:b:c 11:33:41 91:33:41
5238 a:b:c 21:13:45 31:27:63
5398 a:b:c 31:27:63 28:63:41
5403 a:b:c 15:7:125 71:33:41
5426 a:b:c 12:13:25 82:25:14
5434 a:b:c 12:17:15 52:33:52
假设我为每个样本计算了另一个 id (d) 值,但不是在每一行中。
data02 =
pos ids sample1_value sample2_value
2969 d 21 96
3416 d 52 85
5207 d 63 85
5398 d 27 52
5403 d 63 52
5434 d 81 63
问题:
我想为每个样本的每一行写下这个 d 的值。
是否可以使用 for 循环写回值?
预期的最终输出:
pos ids sample1_value sample2_value
2969 a:b:c:d 12:13:15:21 12:13:15:.
3222 a:b:c:d 13:13:16:. 21:33:41:.
3416 a:b:c:d 19:13:18:52 21:33:41:.
................................
.......................... in the same way as above
我仅针对 sample01 尝试了以下代码:
data01 = open('data01.txt', 'r')
header01 = data01.readline()
data01 = data01.read().rstrip('n').split('\n')
# similar code for data02
data01_new = open('data01_new.txt', 'w')
data01_new.write(header01 + '\n')
for lines in data01:
values01 = lines.split('\t')
pos01 = values01[0]
ids01 = values01[1]
sample1_val01 = values01[2]
for lines in data02:
values02 = lines.split('\t')
pos02 = values02[0]
ids02 = values02[1]
sample1_val02 = values02[2]
if pos01 == pos02:
data01_update = open('data01_new.txt', 'a')
data01_update.write('\t'.join(pos1, (ids01+':'+ids02), sample1_val01+':'+sample1_val02)
else:
data01_update = open('data01_new.txt', 'a')
data01_update.write('\t'.join(pos1, (ids01+':'+ids02), sample1_val01+':'+'.')
- 我知道嵌套循环浪费了很多时间,使用文件大小的乘积。
- 我的 if/else 逻辑用匹配项更新行,但后来被不匹配项覆盖。
是否可以使用 for-loop 和 if-else
来解决这个问题?
如果没有,我该如何使用 pandas 解决这个问题?
最佳答案
这里有一种方法,先合并pos上的两个数据,然后加入ids,sample1和sample 2,最后只使用需要的列
data = data1.merge(data2, on = 'pos',how = 'outer').fillna('.')
data['ids'] = data['ids_x'] + ':'+ data['ids_y']
data['sample1_value'] = data['sample1_value_x'].astype(str) + ':'+
data['sample1_value_y'].astype(str)
data['sample2_value'] = data['sample2_value_x'].astype(str) + ':'+
data['sample2_value_y'].astype(str)
data = data[['pos', 'ids', 'sample1_value', 'sample2_value']]
pos ids sample1_value sample2_value
0 2969 a:b:c:d 12:13:15:21.0 12:13:15:96.0
1 3222 a:b:c:. 13:13:16:. 21:33:41:.
2 3416 a:b:c:d 19:13:18:52.0 21:33:41:85.0
3 5207 a:b:c:d 11:33:41:63.0 91:33:41:85.0
4 5238 a:b:c:. 21:13:45:. 31:27:63:.
5 5398 a:b:c:d 31:27:63:27.0 28:63:41:52.0
6 5403 a:b:c:d 15:7:125:63.0 71:33:41:52.0
7 5426 a:b:c:. 12:13:25:. 82:25:14:.
8 5434 a:b:c:d 12:17:15:81.0 52:33:52:63.0
关于python - 如何使用for循环,if-else合并两个文件?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/44059470/