python - 按条件合并具有不同列信息的文件

Question

我有三个文件，每个文件中的信息都不会以任何方式重叠 - 但是，它们需要以特定方式相互合并才能发挥作用。

第一个文件不同于以相同方式设置的后两个文件。 文件 1 如下所示:

rs101   12  126890980   A   G   
rs102   4   114553253   A   C   
rs103   9   172776204   C   T

文件 2 如下所示:

1   178 0.12    0.26    0.02    
1   1458    0.35    0.37    0.021   
1   318 0.99    0.105   0.08

文件 3 如下所示:

 1  3567    0.78    0.67    0.005   
 0  0   0   0   0   
 1  3567    0.34    -0.15   0.001 

我想要一个将这些合并到文件以生成第三个文件的脚本:

rs101   12  126890980   A   G
1   178 0.12    0.26    0.02
1   3567    0.78    0.67    0.005
rs102   4   114553253   A   C   
1   1458    0.35    0.37    0.02
0   0   0   0   0
rs103   9   172776204   C   T
1   318 0.99    0.105   0.08
1   3567    0.34    -0.15   0.001 

问题是，如果这些文件合并不正确，它们在运行分析时将不会提供正确的信息 - 我可以在每个文件的末尾添加一个唯一的列(例如，rs# 可以在文件中打印两次一个(在第一列中一次，在最后一列中一次)，然后可以将相应的 rs 编号添加到文件 2 和 3 末尾的另一列中)。然后我可以手动抽查合并是否正确发生。任何见解或建议表示赞赏!

Answer 1

一种方法，使用粘贴:

paste -d "\n" file1.txt file2.txt file3.txt

结果:

rs101   12  126890980   A   G   
1   178 0.12    0.26    0.02    
1  3567    0.78    0.67    0.005   
rs102   4   114553253   A   C   
1   1458    0.35    0.37    0.021   
0  0   0   0   0   
rs103   9   172776204   C   T
1   318 0.99    0.105   0.08
1  3567    0.34    -0.15   0.001

这假设您的每个输入文件都包含相同数量的行。要检查每个文件(从而避免潜在的合并问题)，请使用 wc:

wc -l file1.txt file2.txt file3.txt

结果:

3 file1.txt
3 file2.txt
3 file3.txt
9 total

HTH