python - R包Bio3D教程复现

Question

我开始使用名为 Bio3D 的 R 包 ( http://thegrantlab.org/bio3d/index.php ) 并在从“Protein Structure Networks with Bio3D”教程中复制示例时遇到问题 (http://thegrantlab.org/bio3d/tutorials/protein-structure-networks)。 这是我正在尝试做的片段:

" 下面的代码片段首先设置示例 HIVpr 起始结构 (pdbfile) 和轨迹数据 (dcdfile) 的文件路径，然后读取这些文件(生成对象 dcd 和 pdb)。

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")    
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")   

# Read MD data    
dcd <- read.dcd(dcdfile)   
pdb <- read.pdb(pdbfile)   

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")    
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,    
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)    

一旦我们有了叠加的轨迹框架，我们就可以评估各个残基的原子波动(在这个非常简短的示例模拟中)相互关联的程度，并根据这些数据构建一个网络:

cij <- dccm(trj)    
net <- cna(cij)    
plot(net, pdb)   

”

到目前为止一切正常。

# View the correlations in pymol    
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)     

这里我用pymol打开生成的pdb文件corr.inpcrd。 但是我看到的不是漂亮的卡通 3D 模型，而是用点表示的氨基酸残基。 试图使用卡通、丝带、颜色、透明度和命令显示的设置来解决 pymol 的问题，但它没有任何改变。 非常感谢您的建议!

我没有足够的声誉来用图像说明预期和获得的结果，但如果需要，我可能可以直接发送它们。

谢谢!

Answer 1

通常，如果 pymol 在您的可执行文件路径中，这将起作用(请参见此处:http://tinyurl.com/lzhpz3w 了解更多关于 bio3d 期望在哪里找到 pymol 和 muscle 的信息)。

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE) 

我自己不使用 Windows，但如果您将此问题发布到 bio3d bitbucket 问题页面 https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues您将从经验丰富的 Windows bio3d 用户(包括此功能的作者)那里获得帮助。