python - 安装并使用RPy2(使用conda),以便在/ usr / lib / R R中使用默认的R安装。

原文 标签 python r conda rpy2

我想使用RPy2从Python中的R包调用函数。我使用conda安装了RPy2,并意识到它在conda中安装了一个新的R副本。。。我不想那样。我只想拥有并使用一个R,即/usr/lib/R中的默认R。
怎么做?如何强制conda、Python和RPy2使用安装在/usr/lib/R中的默认R?

最佳答案

不要使用conda instal来安装rpy2,只要使用pip install rpy2。以下是rpy2之前可能需要安装的一些附加软件包:

conda install -y PyHamcrest
sudo apt-get install -y libreadline6-dev
pip install rpy2

一些注释:
which pip应该指的是水蟒的路径
在安装rpy2
安装后,调用import rpy2.robjects as robjects时可能会遇到错误:
runtimewarning:错误:dyn.load(file,DLLpath=DLLpath,…)中stats的包或命名空间加载失败:
无法加载共享对象'/usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so':
libRlapack.so:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或目录
为了解决这个问题,我在How I solved the error - libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory
您需要找到您的libRlapack.so文件(在我的例子中,这个文件在/usr/local/lib/R/lib/中),或者下面的命令应该显示这个文件的路径:
R CMD ldd /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so

然后将此路径写入/etc/ld.so.conf.d/libR.conf,然后运行ldconfig
echo "/usr/local/lib/R/lib/" >> /etc/ld.so.conf.d/libR.conf && ldconfig

这应该能解决问题。

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