python - 安装并使用 RPy2(使用 conda)，以便它使用/usr/lib/R R 中的默认 R 安装

Question

我想使用 RPy2 在 Python 中调用我的 R 包中的函数。我使用 conda 安装了 RPy2 并意识到它在 conda 中安装了 R 的新副本......我不想要那个。我只想拥有并使用一个 R，默认在/usr/lib/R 中。

该怎么做？如何强制 conda 和 Python 和 RPy2 使用安装在/usr/lib/R 中的默认 R？

Answer 1

不要使用conda install 安装rpy2，只需使用pip install rpy2。以下是您可能需要在 rpy2 之前安装的一些额外软件包:

conda install -y PyHamcrest
sudo apt-get install -y libreadline6-dev
pip install rpy2

一些注意事项:

1. which pip 应该引用 anaconda 的路径。

2. 在安装 rpy2 之前，应正确设置 R 的环境变量(R_HOME 和 PATH)。

3. 安装后调用import rpy2.robjects as robjects时可能会遇到错误:

   RRuntimeWarning:错误:dyn.load(文件，DLLpath = DLLpath，...)中“stats”的包或命名空间加载失败: 无法加载共享对象“/usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so”: libRlapack.so: 无法打开共享对象文件: 没有那个文件或目录

为了解决这个问题，我在 How I solved the error - libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory 中找到了解决方案

您需要找到您的 libRlapack.so 文件(在我的例子中，该文件位于 /usr/local/lib/R/lib/)，或以下命令应显示此文件的路径:

R CMD ldd /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so

然后将此路径写入/etc/ld.so.conf.d/libR.conf，然后运行ldconfig:

echo "/usr/local/lib/R/lib/" >> /etc/ld.so.conf.d/libR.conf && ldconfig

这应该可以解决问题。