python - 从 SRE_Match 对象获取跨度和匹配值 (Python)

Question

我正在尝试在 DNA 序列中找到特定长度(范围为 4 到 12)的匹配项

代码如下:

import re
positions =[]
for i in range(4,12):
    for j in range(len(dna)- i+1):
        positions.append(re.search(dna[j:j+i],comp_dna))

#Remove the 'None' from the search
position_hits = [x for x in positions if x is not None]

我明白了:

[<_sre.SRE_Match object; span=(0, 4), match='ATGC'>,.........]

如何从 span 和 match 中提取值？ 我试过 .group() 但它抛出了一个错误

AttributeError: 'list' object has no attribute 'group'

Answer 1

如果你想修复当前的方法，你可以使用

position_hits = [x.group() for x in positions if x]

您可以直接在for 循环中获取所有匹配项:

import re
position_hits = []
for i in range(4,12):
    for j in range(len(dna)-i+1):
        m = re.search(dna[j:j+i],comp_dna)
        position_hits.append(m.group())