我是 python 的新手,所以请多多包涵。我被要求创建一个程序。我需要在每个序列中查找模式(必须由用户使用键盘提供)字符串的出现,如果出现,则在序列中注册 ID 和出现次数(计数)。
数据如下所示:
id sequence
1 MVLSEGEWAAVLHVWAKVEADVAAGHGQDILIRLFKS
2 MNIFEMLRIAAGLRLKIYKDTEAAGYYTIGIGHLLTKSPSL
3 MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSH
4 MNIFEMLRAAEGAALRLKIYKAADTEGYYTIGIGHLLTKS
5 MVLSAAEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFK
其中 ids 是数字,sequence 是每个数字下面的序列。该文件是 (100437 x 2) 的矩阵
这是我目前的代码:
import re
def proteins_pattern_count(pattern):
with open("proteins.csv", 'r') as proteins:
proteins = proteins.read()
items = re.findall(pattern, proteins)
return len(items)
# Reading the pattern to look for and forcing the input to change the pattern to capital letters.
pattern = input("Please type in the pattern you would like to look for: ").upper()
count = proteins_pattern_count(pattern)
print('The pattern {} appears {} times within the proteins file'.format(pattern, count))
我得到的输出:
Please type in the pattern you would like to look for: AA
The pattern AA appears 173372 times within the proteins file
但我真正想要的是:例如,如果我正在寻找的模式是“AA”,那么我希望看到一个表格,其中仅包含实际内部具有这种模式的序列的 ID 和数量(计数) 出现在序列中,像这样:
id count
1 2
2 2
4 3
5 1
我认为这很容易做到,但我是 Python 的新手。
感谢您的支持!!
最佳答案
首先,我强烈建议为 .readlines()
返回的对象使用不同的变量名,因为当前您正在覆盖文件指针。虽然此代码不是必需的,但通常是一种很好的做法。
其次,为了让事情变得更简单,您可能希望使用 csv.reader
以一种漂亮、简单的方式拆分您的 csv。
以下是您可以使用的三个代码片段:
import re, csv
def proteins_slow1(pattern):
with open("proteins.csv", 'r') as fp:
proteins = csv.reader(fp, delimiter=',')
ids, counts = [], []
for i,seq in proteins:
count = len(re.findall(pattern, seq))
if count != 0:
ids.append(i)
counts.append(count)
return ids, counts
def proteins_slow2(pattern):
with open("proteins.csv", 'r') as fp:
proteins = csv.reader(fp, delimiter=',')
struct = {}
for i,seq in proteins:
count = len(re.findall(pattern, seq))
if count != 0:
struct[i] = count
return struct
def proteins_fast(pattern):
with open("proteins.csv", 'r') as fp:
proteins = csv.reader(fp, delimiter=',')
struct = {}
for i,seq in proteins:
count = seq.count(pattern)
if count != 0:
struct[i] = count
return struct
proteins_slow1
创建两个列表,如果计数不为零,则追加它们。该函数以返回一个包含 ids
列表和 counts
列表的元组结束。
这几乎和 proteins_slow2
一样快,它创建一个字典,并将新条目添加为键值对(id 作为键,count 作为值)。
最快的方法是实际上不使用 re
而是在序列字符串上使用 .count()
方法。这将减少大约 30-40% 的运行时间(如果您反复查看 100000 多行,这将变得很重要)。
>>> %timeit proteins_slow1('AA')
199 ms ± 12.1 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
>>> %timeit proteins_slow2('AA')
187 ms ± 767 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
>>> %timeit proteins_fast('AA')
119 ms ± 539 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
(定时测试是通过从以下函数制作一个 csv 文件来完成的:)
def writer():
with open("proteins.csv", 'w', newline='\n', encoding='utf-8') as fp:
proteins = csv.writer(fp, delimiter=',')
for i in range(20000):
proteins.writerow([str(0+i*5),'MVLSEGEWAAVLHVWAKVEADVAAGHGQDILIRLFKS'])
proteins.writerow([str(1+i*5),'MNIFEMLRIAAGLRLKIYKDTEAAGYYTIGIGHLLTKSPSL'])
proteins.writerow([str(2+i*5),'MVLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSH'])
proteins.writerow([str(3+i*5),'MNIFEMLRAAEGAALRLKIYKAADTEGYYTIGIGHLLTKS'])
proteins.writerow([str(4+i*5),'MVLSAAEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFK'])
尽情享受吧!
关于python - 如何注册序列中的 ID 和出现次数(或次数)?,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/58373751/