r - 如何在 .sh 文件中运行 R 作业

Question

我正在尝试运行 R 脚本。

这些是我的 R 脚本 big2.r

中的一些行

dataa <- read.csv("/home/people/R2/big2.csv")
write.csv(head(dataa), file="/home/people/R2/head.csv")

当我在终端中执行 R CMD BATCH big2.r 时，它会给我一个 .Rout 文件和 head.csv。

但是当我尝试使用我的 big2.sh 文件通过使用 qsub big2.sh 将作业提交到队列时，它没有给我一个 .Rout 文件或该作业的 head.csv 和 qstat 是 C 标准 然后它就消失了。

这是我的.sh文件的内容

#!/bin/bash -l

module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r

我做错了什么？提交执行 R 脚本的作业的正确方法是什么？

当我尝试 #!/usr/bin/r 时，出现以下错误。

-bash:/var/spool/torque/mom_priv/jobs/363059.sonic-head.SC:/usr/bin/r: 错误的解释器:没有这样的文件或目录

我尝试了在 Bash script: bad interpreter 中找到的解决方案，但没有帮助。

Answer 1

好的，尝试这样的事情:

#!/usr/bin/bash -l
#PBS -N qsub_R_test

cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in working directory $PWD
module load R/3.2.2
R CMD BATCH big2.r