linux - 将文件名前缀作为输入传递给程序

Question

我有一些具有以下名称的文件:

A-C-F3_accepted_hits.bam
A-VR-M6R_accepted_hits.bam

文件存储在 Linux 服务器上。我想从所有带有 A-C-F3 的文件中提取下划线前的字符串(即 A-VR-M6R 、 .bam 等)扩大。

随后，我想将这些字符串用作另一个程序生成的输出文件的前缀，该程序将使用 *_accepted_hits.bam输入文件。

更具体地说，我的输入如下:

 samtools sort -n A-C-F3_accepted_hits.bam A-C-F3_sorted
 samtools sort -n A-VR-M6R_accepted_hits.bam A-VR-M6R_sorted

此处 samtools 将对 A-C-F3_accepted_hits.bam 的内容进行排序。我想要前缀为 A-C-F3_sorted 的输出文件，后跟默认扩展名。同样，我有 17 个文件要执行此任务。希望这能让事情变得清楚。 谢谢。

Answer 1

您可以使用awk 提取文件名的前缀并将其附加到文件名的公共(public)部分。

OCOMM=_accepted_hits.bam
for i in `ls *.bam`;
    do
            OFILE=`echo $i | awk -F_ '{print $1}'`;
            FILENAME=$OFILE$OCOMM;
            echo $FILENAME;
    done