linux - 如何使用 awk 逐行打印其他程序的结果？

Question

我有一个 file.txt 像:

AAAAAA
AAAAAB
AAAAAC
AAAAAD
...

而且我想同时为另一个程序使用一行。我的脚本正在使用 awk 并且它几乎完成但仍然无法正常工作。有人可以帮忙吗？谢谢!

while read file.txt

line=`awk '{ print $0 ; next}' ../file.txt`

echo 'for aa in "$line": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb' > script.pdb

do

pymol script.pdb

done

脚本应该单独读取 file.txt 的每一行以使用 'for aa in "$line": cmd._alt(string.lower(aa)) 中的行；为 pymol 保存 $line.pdb' 脚本。

所以预期的输出应该是一个包含所有文件的文件夹:

AAAAAA.pdb AAAAAB.pdb AAAAAC.pdb

Answer 1

你可以试试

while read -r line
do
    echo "for aa in \"$line\": cmd._alt(string.lower(aa)) ; save $line.pdb" > script.pdb
    pymol script.pdb
done < file.txt