我正在运行 R 3.0.2 并尝试在 Mac OSX 10.9、CentOS 6.4 和 5.4 上安装 gplots。但它在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdata需要gtools，gtools需要gdata。
因此，如果有人试图单独安装 gtools 或 gdata，它会阻止您
> install.packages("gtools")
also installing the dependency ‘gdata’
...
ERROR: dependency ‘gtools’ is not available for package ‘gdata’
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gtools’
但是，基于CRAN package info , 依赖树应该是
gplots --> gdata --> gtools
A --> B: A depends on B
那么是否有任何解决方法或者是否应该向上游报告？
编辑:
我设法通过修改 gtools 的源代码来安装它们:
> download.packages("gtools", destdir=".") # currently 3.2.0
解压它(tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz)然后删除文件 DESCRIPTION
# in gtools/DESCRIPTION
Imports: gdata # <-- remove this line
然后在本地安装gtools
> install.packages("gtools", repos=NULL)
...
file ‘DESCRIPTION’ has the wrong MD5 checksum
...
它应该成功安装，从而解决了循环依赖性。一个人可以完成所有剩下的
> install.packages("gplots")
本方案由Wush Wu原创。
最佳答案
我是 gtools 的维护者。
gtools 3.2.0 确实存在循环依赖，我在星期六将其推送到 CRAN。
CRAN 已将 gtools 回滚到 3.1.1(出现问题之前)，我刚刚将 gtools 3.2.1 提交给 CRAN(这纠正了问题)。
-格雷格
关于linux - 在 R 3.0.2 中安装 gplots、gdata 和 gtools 的循环依赖，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/21088830/