我正在尝试在 R 中安装 minfi:
BiocManager::install("minfi")
但是在 HDF5Array 的编译过程中安装停止并出现以下错误:
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’
我已经安装了 rhdf5 和 Rhdf5lib 包加上文件 R“看不到”实际上存在于确切的目录中(/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/) 它应该在其中“搜索”它们。
ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a libhdf5_cpp.a libsz.a
我的 R 版本是 3.6.0，我的 GCC 版本是 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)，我的 CentOS 发行版是 7.6.1810
如果有任何建议，我将不胜感激。
谢谢。
最佳答案
我遇到了同样的问题。 http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/提到“HDF5Array(1.12.2)”安装失败。所以等待改进。
有一种方法:安装旧版本的“HDF5Array”。
url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")
关于r - 如何修复 'gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or directory' in R，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/58378470/