我想从 double 数组中收集数据并同时组织它们。假设我们有 2 个 MPI 等级:
if(rank == 0)
P = {0,1,4,5,8,9};
else
P = {2,3,6,7,10,11};
我如何收集位于 P
中的信息并按顺序定位它们,即: master 中的 P
应该包含 P= [0 1 2. ...9 10 11]
我可以按原样收集 P
,然后在 root
中重新组织它,但是这种方法效率不高,因为 P
是增加。我已经尝试创建一个 MPI_Type_vector
但是我还没有成功。有什么想法吗?
最佳答案
这在一定程度上取决于您所说的“按顺序”是什么意思。如果您的意思是,如上例所示,每个 vector 都由数据 block 组成,并且您希望这些 block 以固定的已知顺序交错,是的,您当然可以这样做。 (这个问题也可以理解为询问你是否可以在收集的过程中进行排序;这更难。)
你有正确的方法;您希望按原样发送数据,但将数据接收到由处理器分解的指定 block 中。在这里,您要接收的数据类型如下所示:
MPI_Datatype vectype;
MPI_Type_vector(NBLOCKS, BLOCKSIZE, size*BLOCKSIZE, MPI_CHAR, &vectype);
也就是说,对于给定处理器的输入,您将把它接收到大小为 BLOCKSIZE
的 NBLOCKS
block 中,每个 block 由许多处理器分隔 block 大小。事实上,你可以接受那种类型;但是,要收集到该类型,您需要设置范围,以便将来自每个处理器的数据收集到正确的位置:
MPI_Datatype gathertype;
MPI_Type_create_resized(vectype, 0, BLOCKSIZE*sizeof(char), &gathertype);
MPI_Type_commit(&gathertype);
调整大小的原因在例如 this answer 中给出。 ,也可能在本网站的其他地方。
将这些放在示例代码中可以得到以下结果:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>
int main(int argc, char **argv) {
int rank, size;
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
const int BLOCKSIZE=2; /* each block of data is 2 items */
const int NBLOCKS =3; /* each task has 3 such blocks */
char locdata[NBLOCKS*BLOCKSIZE];
for (int i=0; i<NBLOCKS*BLOCKSIZE; i++)
locdata[i] = 'A' + (char)rank; /* rank 0 = 'AAA..A'; rank 1 = 'BBB..B', etc */
MPI_Datatype vectype, gathertype;
MPI_Type_vector(NBLOCKS, BLOCKSIZE, size*BLOCKSIZE, MPI_CHAR, &vectype);
MPI_Type_create_resized(vectype, 0, BLOCKSIZE*sizeof(char), &gathertype);
MPI_Type_commit(&gathertype);
char *globaldata = NULL;
if (rank == 0) globaldata = malloc((NBLOCKS*BLOCKSIZE*size+1)*sizeof(char));
MPI_Gather(locdata, BLOCKSIZE*NBLOCKS, MPI_CHAR,
globaldata, 1, gathertype,
0, MPI_COMM_WORLD);
if (rank == 0) {
globaldata[NBLOCKS*BLOCKSIZE*size] = '\0';
printf("Assembled data:\n");
printf("<%s>\n", globaldata);
free(globaldata);
}
MPI_Type_free(&gathertype);
MPI_Finalize();
return 0;
}
运行给出:
$ mpirun -np 3 ./vector
Assembled data:
<AABBCCAABBCCAABBCC>
$ mpirun -np 7 ./vector
Assembled data:
<AABBCCDDEEFFGGAABBCCDDEEFFGGAABBCCDDEEFFGG>
关于c - 使用 MPI 收集和组织 vector ,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/23392525/