c - PBS 集群 Hello World 上的 MPI

Question

我正在使用 mpiexec 运行几个 hello world 可执行文件。它们各自运行，但进程数始终为 1，看起来应该有 4 个进程。有人明白为什么吗？另外我不确定为什么 stty 给我一个无效的论点。谢谢!

这是输出:

   /bin/stty: standard input: invalid argument
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1
   Hello world from process 0 of 1

这是c文件:

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

int main(int argc, char *argv[])
{
  int rank, size;
  MPI_Init (&argc, &argv);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
  printf("Hello world from process %d of %d\n", rank, size);
  fflush(stdout);
  MPI_Finalize();
  return 0;
}

这是提交脚本:

#!/bin/bash

#PBS -N helloWorld
#PBS -l select=4:ncpus=2
#PBS -j oe
#PBS -o output
#PBS -l walltime=3:00
cd $PBS_O_WORKDIR


mpiexec ./helloWorld

Answer 1

史蒂文:

以上应该有效；看起来有些东西(PBS <-> MPI 库 <-> mpiexec)配置错误。

第一个也是最明显的猜测——mpiexec 是否与您编译时使用的库对应的同一个 mpi 启动程序？如果您在脚本中执行 which mpiexec，编译程序时是否会得到与 which mpicc 对应的内容？在编译之前，您是否必须执行诸如“模块加载 [mpi 包]”之类的操作？

同样，您的 mpiexec PBS 感知吗？如果没有，您可能必须以某种方式指定主机文件 (${PBS_NODEFILE}) 和处理器数量。

您使用的是什么 mpi，您在什么系统上运行 - 它是一个公开可用的系统，我们可以查看其文档吗？