c - binning/jack-knife c 程序中的段错误

为什么我会出现段错误(核心转储)？我不知道问题出在哪里。

该程序应该读取包含热化数据的数据文件，对数据进行分类，然后使用折刀方法重新采样。

无论使用多少数据，我都会收到段错误。

/* Ben Marshall 12/03/15 
Bin data & Jack-Knife  */

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>


int main(void)
{
  int binSize, i=0, j=0, k=0, s=0, dataSize=0;
  double *data, *binData, *jackData, mean,  test; //variance

  /* open files, therm.dat is the data to be jack-knifed, 
     jack-knife.dat will store the new data  */
  FILE *thermalised = fopen("therm.dat","r");
  FILE *jack = fopen("jack-knife.dat","w");
  if(thermalised==NULL || jack==NULL) {
    return(-1);
  }

  // check amount of data to be used
  while(fscanf(thermalised, "%lf", &test) != EOF) {
    i++;
  }

  // close and reopen file to reset to start of file
  fclose(thermalised);
  FILE *therm = fopen("therm.dat","r");
  if(therm==NULL) {
    return(-1);
  }

  dataSize=i;
  data=malloc(dataSize*sizeof(double));
  binData=malloc(dataSize*sizeof(double));
  jackData=malloc(dataSize*sizeof(double));

  i=0;
  while(fscanf(therm, "%lf", &data[i]) != EOF) {
    i++;
  }

  fclose(therm);

  /* increasing bin size in multiples of 2  */
  for(binSize=1; (dataSize/binSize)>20; (binSize=binSize*2)) {

    /* binning the data */
    for(j=0; j<dataSize; j=(j+binSize)) {
      for(k=0; k<binSize; k++) {
    binData[s] = binData[s] + data[j+k];
      }
      binData[s] = binData[s]/binSize;
      s++;
    }

    /* jack-knifing the binned data */
    for(i=0; i<(dataSize/binSize); i++) {
      for(s=0; s<(dataSize/binSize); s++) {
    jackData[i] = jackData[i] + binData[s] - binData[i];
      }
      jackData[i] = jackData[i]/((dataSize/binSize)-1); 
    }

    /* calculate mean and variance(FINISH!!) of jackData */
    for(i=0; i<(dataSize/binSize); i++) {
      mean = mean + jackData[i];
    }
    mean = mean/(dataSize/binSize);
    fprintf(jack, "%d\t%lf\n",binSize,mean);
  }

  free(data);
  free(binData);
  free(jackData);
  fclose(jack);
  return(0);
}

具有 512 个数据点的 Therm.dat 文件

最佳答案

您的代码存在一些问题:

while(fscanf(thermalised, "%lf", &test) != EOF)

如果文件包含无法解析为 float 的内容，这将导致无限循环。改用这个:

while(fscanf(thermalised, "%lf", &test) == 1)

为什么您要关闭并重新打开文件，而不是仅仅调用 rewind() ？

在第二个读取循环中，您应该更加小心，以防另一个进程正在写入 "them.dat"异步文件。您应该尝试解析您分配的尽可能多的数字:

for (i = 0; i < dataSize; i++) {
    if (fscanf(therm, "%lf", &data[i]) != 1) {
        printf("error: them.dat changed\n");
        exit(1);
    }
}

您不应该返回-1来自main() ，大多数系统仅支持 0 之间的退出状态和255 .

在分箱阶段，您有潜在的缓冲区溢出:

for(binSize=1; (dataSize/binSize)>20; (binSize=binSize*2)) {

    /* binning the data */
    for(j=0; j<dataSize; j=(j+binSize)) {
        for(k=0; k<binSize; k++) {
            binData[s] = binData[s] + data[j+k];
        }
        binData[s] = binData[s]/binSize;
        s++;
    }

如果dataSize不是 2 的幂，最后一个 bin 可能会超出 data 的末尾数组，调用未定义的行为，可能是您遇到的崩溃。修改边界测试以避免这种情况。

此外，binData和jackData在初始化之前使用。您应该使用 calloc 分配这些数组所以他们从 0.0 开始(在具有 IEEE float 的系统上；-)，或者通过循环将它们初始化为适当的值。

当您计算mean时:

    /* calculate mean and variance(FINISH!!) of jackData */
    for(i=0; i<(dataSize/binSize); i++) {
        mean = mean + jackData[i];
    }

mean未初始化!

打印时:

fprintf(jack, "%d\t%lf\n",binSize,mean);

"%lf"未定义，您应该使用 "%f"打印 double或float .

关于c - binning/jack-knife c 程序中的段错误，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/29721976/

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