我打开了一个包含 blast 结果的文件，并在屏幕上以 fasta 格式打印出匹配项。
代码如下所示:
result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")
from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
for hsp in alignment.hsps:
print '>', alignment.title
print hsp.sbjct
这会将 fasta 文件列表输出到屏幕。 但是我怎样才能创建一个文件并将 fasta 输出保存到这个文件中呢？
更新:我想我必须用 something.write() 替换循环中的 print 语句，但是我们写的 '>', alignment.title 会怎样？
最佳答案
首先，创建一个文件对象:
f = open("myfile.txt", "w") # Use "a" instead of "w" to append to file
您可以打印到文件对象:
print >> f, '>', alignment.title
print >> f, hsp.sbjct
或者你可以写信给它:
f.write('> %s\n' % (alignment.title,))
f.write('%s\n' % (hsp.sbjct,))
然后你就可以关闭它了:
f.close()
关于python - 将 for 循环的输出保存到文件，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/1684194/